(1)、直接鏡檢法和培養法
直接鏡檢法和培養檢查法是形態學檢查的基本方法，直接鏡檢是真菌學檢查最經典的方法,具有快速、簡便的特點。但陽性率較低，1次取材直接涂片法的漏診率高達45%，而3次取材直接鏡檢的累積陽性率可達99%，因此，陰性結果不能排除診斷，與培養檢查結合才能確診。培養檢查法可進—步提高病原體檢出的陽性率，驗證直接鏡檢的結果，同時確定致病菌的種類。某些真菌感染的組織寄生形態具有特征性，對于診斷具有重要意義，如念珠菌感染在組織中可以同時發現酵母細胞和假菌絲：隱球菌感染可見帶有莢膜的酵母細胞：曲霉菌感染可見五色、45°分支分隔的菌絲：毛霉菌感染可見粗大無分隔呈直角分支的菌絲；組織細胞內的酵母細胞常提示組織胞漿菌或馬爾尼菲青霉菌感染：棕色菌絲和/或孢子常提示暗色真菌感染。通過碘酸-雪文氏染色PAS和銀染等特殊染色可以更清楚地顯示真菌細胞。
(2)、組織病理學檢查
組織病理學檢查對于確定致病菌在組織內寄生并了解宿主的反應十分重要，而且一旦在組織切片中發現真菌菌絲和/或孢子，即為診斷的有力證據。其結果與直接鏡檢和培養相結合對診斷的意義更大。除常用的真菌病原體染色方法外，免疫組化特異抗體染色可對臨床常見條件致病菌做出特異性診斷。馬蕾等采用微波Envision免疫組化二步法對34例深部真菌病患者的標本用福爾馬林固定，石蠟包埋切片進行PAS染色，微波Envision免疫組織化學標記。結果示免疫組織化學染色16例為可疑曲霉菌感染中14例陽性；11例可疑隱球菌感染全部陽性；7例念珠菌感染6例陽性。菌體染色清晰無背景。因此，微波Envision免疫組化二步法應用于深部真菌感染檢測具有高敏感、低背景、快速簡便的特點，在真菌病的臨床病理診斷中具有很好的應用價值。有學者指出免疫組化方法較PAS方法可特異地對白念珠菌、新型隱球菌和曲霉菌感染作出診斷。