乳酸性酸中毒/嚴重肝腫大伴脂肪變性
單獨使用核苷類似物（包括恩曲他濱替諾福韋的成份之一富馬酸替諾福韋二吡呋酯）治療或聯用其他抗逆轉錄病毒藥物治療時，曾有發生乳酸性酸中毒和嚴重肝腫大伴脂肪變性的報告，包括出現致死病例。這些病例大多數發生在女性中。肥胖及對核苷的長期暴露可能是危險因素。在有已知肝病危險因素的患者中給予核苷類似物時要特別注意；然而，在沒有己知危險因素的患者中也曾經 有病例報告。任何患者的臨床或實驗室結果如果提示有乳酸性酸中毒或顯著的肝毒性（可能包括肝腫大和脂肪變性，即便轉氨酶沒有顯著升高），應暫停恩曲他濱替諾福韋治療。
HIV-1和乙肝病毒合并感染的患者
建議所有HIV-1感染者在開始抗逆轉錄病毒治療前檢測乙肝病毒（HBV)。恩曲他濱替諾福韋未被批準用于治療慢性HBV感染。在HBV和HIV-1合并感染患者中恩曲他濱替諾福韋的安全性和療效尚未得到證實。HBV和HIV-1合并感染的患者在中斷恩曲他濱替諾福韋治療之后，曾出現嚴重的 乙型肝炎急性惡化的報告。部分接受恩曲他濱治療的感染HBV的患者乙型肝炎惡化伴隨肝代償失調和肝衰竭。對合并感染HIV-1和HBV但后來中斷恩曲他濱替諾福韋治療的患者必須嚴密監測肝功能， 包括臨床及實驗室隨訪，在停止治療后還要持續至少幾個月的時間。如果條件適當，患者可能需要重新開始抗乙肝病毒治療。
新出現的或更嚴重的腎功能損害
恩曲他濱和替諾福韋主要通過腎臟消除。使用富馬酸替諾福韋二吡呋酯時，曾有其引起腎功能 損害的報告，包括出現急性腎衰和Fanconi綜合征（腎小管損傷伴嚴重的低磷血癥）的病例（參見 【不良反應】：上市后經驗）。
建議在開始治療前以及使用恩曲他濱替諾福韋治療期間臨床上適當時計算出所有患者的肌酐清除率。對有腎功能損害風險的患者，包括先前在接受阿德福韋酯治療時經歷過腎臟事件的患者， 應定期監測計算出肌酐清除率和血清磷。
建議對所有肌酐清除率在30至49 mL/分鐘的患者調整恩曲他濱替諾福韋的給藥間期，并密切 監測腎功能（參見【用法用量】）。在按照劑量指導接受恩曲他濱替諾福韋治療的腎功能損害患者中，目前還沒有可用的安全性或療效數據，所以應當對恩曲他濱替諾福韋治療的潛在效用和腎毒性的潛在風險進行評估。肌酐清除率小于30 mL/分鐘或需血液透析的患者不應服用恩曲他濱替諾福韋。
如果目前或近期曾使用過有腎毒性的制劑，應當避免使用恩曲他濱替諾福韋治療。
與其他藥物聯用
恩曲他濱替諾福韋為恩曲他濱和富馬酸替諾福韋二吡呋酯的固定劑量復方制劑。恩曲他濱替諾福韋不應與恩曲他濱、富馬酸替諾福韋二吡呋酯或固定劑量復方藥（依法韋倫/恩曲他濱/富馬酸替諾福韋二吡呋酯，rilpivirine/恩曲他濱/富馬酸替諾福韋二吡呋酯）聯用。由于恩曲他濱和拉米 夫定之間具有相似性，因此恩曲他濱替諾福韋不應與其他含有拉米夫定的藥物包括拉米夫定，或固定劑量復方藥（拉米夫定/齊多夫定、硫酸阿巴卡韋/拉米夫定和硫酸阿巴卡韋/拉米夫定/齊多夫定） 聯用。
恩曲他濱替諾福韋不應與阿德福韋酯聯用。