恩曲他濱和富馬酸替諾福韋二吡呋酯:目前已確認有些核苷逆轉錄酶抑制劑(NRTI)之間會產生 交叉耐藥性。從細胞培養中篩選出恩曲他濱和替諾福韋合用后發生M184V/I和/或K65R置換病毒株， 此類變異病毒株在替諾福韋與拉米夫定或恩曲他濱聯合用藥、以及替諾福韋與阿巴卡韋、去經肌苷 聯合用藥治療失敗的患者分離的病毒株中也有發現。因此，交叉耐藥性可在攜帶含一個或兩個此類 (置換）基因突變病毒的患者中產生。
恩曲他濱:恩曲他濱耐藥病毒株（M184V/I)對拉米夫定和扎西他濱產生交叉耐藥性，但其在 細胞培養中對去羥肌苷、司他夫定、替諾福韋、齊多夫定、非核苷逆轉錄酶抑制劑（地拉韋定、依法韋倫、奈韋拉平）仍保持敏感性。接受阿巴卡韋、去羥肌苷、替諾福韋和扎西他濱治療的患者中 分離出的含有K65R置換的HIV-1病毒株，其對恩曲他濱抑制作用的敏感性降低。對齊多夫定和司他夫定（M41L、D67N、K70R、L210W、T215Y/F、K219Q/E置換）和去羥肌苷（L74V置換）敏感性降低的HIV-1病毒仍保持對恩曲他濱的敏感性。含有與非核苷逆轉錄酶抑制劑耐藥性相關的K103N置換的HIV-1病毒株對恩曲他濱仍敏感。
富馬酸替諾福韋二吡呋酯:從20例受試者中分離出的平均帶有3種與齊多夫定相關的逆轉錄酶氨基酸置換(M41L、D67N、K70R、L210ff、T215Y/F或K219Q/E/N)的HIV-1病毒株對替諾福韋的敏感性下降了 3.1倍。產生L74V置換但無齊多夫定耐藥性相關置換的受試者（N = 8)對富馬酸替 諾福韋二吡呋酯的療效反應降低。有限資料顯示，含有Y115F置換（N = 3)、Q151M置換（N = 2) 或T69插入（N = 4)的患者療效反應均降低。