尿石癥的病因較復雜，至今為止尚未完全闡明。多數學者認為尿石形成是多因素綜合作用的結果。
1.內在因素
（1）種族遺傳因素各種種族的人都可患尿石癥，但患病率有所差異，非洲黑人和美國黑人患結石者均少。結石病患者家族的結石病率高于非結石家族，除家人的生活條件接近外，也可能受一些遺傳因素的影響。
（2）飲食與營養不喜歡飲水的人容易患有結石。嬰兒過早的用糧食喂養而乳品不足容易導致膀胱結石。相反，成年人多吃乳品和肉類也可增加結石風險。結石形成還和尿中結石成分突然增多有關，食物愈精制，結石風險越高。食用過多的鹽和菠菜都會增加結石風險。
（3）代謝異常甲狀旁腺功能亢進癥、皮質醇癥都可增加結石的風險。結石也可以是外傷或疾病而長期臥床的合并癥。
（4）藥物潰瘍患者大量飲牛乳和堿性藥物即可產生結石——乳堿綜合征。結石還可因服矽酸鎂而含少見的矽酸鹽。治療青光眼的乙酰唑胺、維生素D中毒、大量用抗壞血酸（可轉變為草酸）、氨苯喋啶、麻黃素和愈創甘油醚、皮質激素及磺胺等均可發生結石。
（5）尿路感染尤其致病菌有分解尿素產生氨的作用時，pH值的提高、黏蛋白的聚合，細菌本身和感染產物都可促進結石的形成。尿路中的異物如縫線、導尿管都可誘發結石。
2.外在因素
（1）自然環境氣候條件、水質、食物等都與結石的發生有關。
（2）社會環境生產水平對結石的影響在國內外流行病學調查中得到證明。
