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  • 發布時間:2014-10-30 13:42 原文鏈接: OxfordNanopore發布新產品PromethION

      Oxford Nanopore似乎與ASHG(美國人類遺傳學協會的年會)有著不解之緣。在ASHG 2012上,Oxford Nanopore展示了MinION的真機。在ASHG 2013上,它又宣布啟動MinION的早期試用計劃。而在今年的ASHG上,Oxford Nanopore揭開了其新產品PromethION的神秘面紗,并宣布了測序儀的一些更新。

      PromethION是一款平板電腦大小的臺式測序儀,不過要比iPad大一些。這款儀器維持了MinION的簡單易用、軟件直觀和極少樣品制備,能夠帶來低成本、可擴展且長讀取的測序,適合那些對流程靈活性有著更好要求的用戶。

      納米孔是以模塊化的方式排列的,Oxford Nanopore稱之為Nanopore cassettes。這些cassettes可根據需要來添加。你可以增加或減少流動槽的數量,而不需要讓儀器滿負荷地運作,以便維持每個樣品的成本。

      流動槽設計意味著只需要少量樣品。據介紹,幾微升樣品即可產生足夠的數據。流動槽包含一排孔,其中每個孔都 有一個可獨立尋址的電子通道。納米孔就在這些孔的膜上,而單分子就是利用納米孔分析的。Nanopore cassettes兼容多孔板,便于上樣自動化和單次實驗中多個樣品的追蹤。

      Oxford Nanopore還提出了一個“Run until”的概念。PromethION設備讓用戶能運行實驗,直到獲得足夠量的數據,或有足夠高質量的數據達到預設的實驗終點。相比之下,其他分析系 統都有著固定的分析時間,在運行結束時帶來一批固定的數據。在這種情況下,用戶不得不設計實驗,以滿足儀器的性能。

      相反,通過利用納米孔傳感的性質和快速電子測定,用戶能夠指示PromethION,以監控其自身的數據輸出,并尋找應用特異的結果。利用這些結果,用戶可以實時地改變或優化儀器的行為,或在獲悉實驗完成后停止儀器。

      關于PromethION,還有個與眾不同的地方,那就是Oxford Nanopore似乎將其核心軟件從Windows轉移到iOS系統。從官網以及展會上的圖片可以看出,PromethION的分析系統似乎是iPad。 據悉,PromethION將在2015年年初啟動早期試用計劃。有意的讀者請關注生物通的后續報道。

      Oxford的首席技術官 Clive Brown在會議上介紹了納米孔測序儀的一些更新。他們提出了一種可編程的實時靶向測序方法(確切名稱還不清楚)。比如,一個人希望從基因組的特定區域測 序,而不是其他區域。當reads通過納米孔并測序時,比對部分序列,以找到它所在的區域。如果是感興趣的區域,就讓納米孔繼續測序。如果不是,納米孔會 在特定孔上施加電勢差,這樣孔就會釋放read,準備測序下一個read。這聽上去是不是很神奇?那我們就拭目以待吧。

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