2015全國胎兒無創產前檢測實驗室室間質評申請開始

　　2014年12月15日，衛生部臨床檢驗中心發布2015年全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測室間質量評價通知，表示將于2015年度正式開展全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測室間質量評價。

　　室間質量評價也稱為能力驗證實驗（以下簡稱PT），是指多家實驗室分析同一標本并由外部獨立機構收集、反饋實驗室上報結果并評價實驗室操作的活動，通過實驗室間的比對判定實驗室的校準、檢測能力以及監控其持續能力。長期以來，PT一直是臨床實驗室和公共衛生實驗室質量保證的一個重要組成部分。

　　室間質評目的：提高實驗室外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測的質量

　　衛生部對全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測展開室間質量評價，主要目的是提高實驗室外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測的質量。通知原文如下：

　　“新一代高通量測序技術發展迅速，并已由實驗室研究進入到臨床檢測應用，如外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）檢測、胚胎植入前遺傳學診斷（PGD和胚胎植入前遺傳學篩查（PGS）等，其中外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）檢測目前已有國家食品藥品監督管理總局（CFDA）批準的儀器和試劑。為提高實驗室外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測的質量，衛生部臨床檢驗中心于2015年度正式開展全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測室間質量評價。”

　　2014室間質評結果：絕大多數結果符合預期

　　這并不是衛生部第一次發布全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測室間質量評價通知，2014年11月，為配合衛計委新一代高通量測序技術應用試點工作，衛生部臨床檢驗中心開展了該項目的全國室間質量評價活動，并要求各臨床實驗室使用日常所用試劑和程序進行檢測。以下是2014室間質評主要結果，數據來源于《全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18 和 T13）高通量測序檢測室間質量評價調查活動結果報告 》。

　　1、樣本情況

　　本次共發放 20 個質評樣本，編號分別為 1401、1402、1403、1404、1405、1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、1418、1419、1420。樣本為人血漿，樣本量為 700μl。其中 15 份樣本用于本次PT 成績評價，5 份樣本用于正式質評發放樣本類型的參考，不納入本次 PT 成績評價。具體信息見下表。

　　2、各檢測平臺使用的實驗室數及相關參數

　　本次質評涉及多個檢測平臺（由于 CFDA 為檢測儀器和配套試劑共同審批，因此本小結中所提及的檢測平臺，除 LDT 外，均同時代表該平臺及相應的配套試劑）。其中有醫療器械注冊證的檢測平臺：BGISEQ-100（武漢華大基因生物醫學工程有限公司），BGISEQ-1000（武漢華大基因生物醫學工程有限公司），DA8600（中山大學達安基因股份有限公司）等。其他檢測平臺有：NextSeq CN500，BioelectronSeq 4000，NextSeq 500，Ion Proton，Hiseq2000， Hiseq 2500，Ion torrent PGM。需要說明的是，沒有醫療器械注冊證的試劑和儀器，均屬實驗室自用方法（laboratory developed test，LDT），具體不同平臺的參數見下表。

　　3、實驗室回報結果情況

　　共計有 81 家實驗室回報質評結果，4 家實驗室報告了兩個平臺的檢測結果，共計收到結果 85 份，其中有效結果 84 份（即回報結果完整、在截止日期內回報的結果）。醫院臨床實驗室共計回報 73 份結果，獨立實驗室回報 12 份結果。總體來說，本次質評絕大多數實驗室的檢測結果均符合預期結果。在 15 份 PT 評價樣本中，98.8% (83/84)的實驗室與預期結果完全相符，只有 1 家實驗室兩份陽性樣本報告了“臨界/灰區”的結果，其余結果也均與預期結果相符，具體的總體結果回報情況見下表。

　　4、各檢測平臺不同樣本的符合率情況

　　一家使用 Hiseq 2500 的實驗室報告了 1405 和 1413 號樣本（預期結果為 T13 陽性）“臨界/灰區”的結果。其他平臺所有實驗室檢測結果均與預期結果相符，無假陰性和假陽性結果。

　　5、各檢測平臺對所有樣本檢測的測序原始數據量和唯一比對 reads 數情況

　　6、PT 成績情況

　　PT 成績≥80（即 80 和 100 分）的實驗室發放質評合格證書；PT 成績<80 分的實驗室和未回報完整定性結果的實驗室發放質評參加證書。本次質評中，PT成績為 100 分的實驗室 83 家，PT 成績在 80~100 分（含 80 分）的實驗室 1 家。1 家實驗室獲得質評參加證書。

　　對開展高通量測序 NIPT 臨床檢測實驗室的啟示

　　在2014室間質評的報告最后，衛計委指出：雖然各臨床實驗室的檢測結果良好，但基于本檢測項目在大多數實驗室均尚未對臨床開展，因此，在將來正式開展高通量測序 NIPT 臨床檢測中，仍需謹慎對待。

　　盡管目前商業化的平臺（包括 CFDA 批準或正在進行注冊的平臺）在生物信息學分析和結果判讀方面，進行了簡化，但是與以往臨床實驗室開展的核酸檢測項目相比，基于高通量測序的 NIPT 仍然是一個相對復雜的檢測過程。通常，NIPT 的檢測流程包括：DNA 提取，文庫構建，文庫純化，文庫定量，文庫混合、測序以及結果分析的過程，完成一個批次的檢測至少需要 3~4 天，此外，在文庫構建和文庫定量中，會涉及到 PCR 擴增過程。

　　因此，如實驗室開展高通量測序 NIPT 的日常檢測，需為臨床基因擴增實驗室，具有一定的核酸檢測的基礎，選擇合適的檢測平臺，并進行性能驗證，具備經過嚴格培訓的高素質實驗人員，建立實驗室檢測的標準操作程序，在每批次的檢測中需使用陰性質控和弱陽性質控，參加室間質量評價。

　　具體來說，在本次質評中，部分實驗室僅有兩個不同的區域，不符合臨床基因擴增實驗室的設置要求；在選擇檢測平臺時，醫院臨床實驗室不建議采用實驗室自用方法 (LDT)，因為LDT 首先需要建立自配試劑的標準操作程序，然后還需對檢測系統（包括檢測儀器、試劑以及生物信息學算法）進行性能評價，給出重復性、分析敏感性、分析特異性、臨床敏感性、臨床特異性、陽性預測值以及陰性預測值等等性能指標，而目前來說，對于單個臨床實驗室，要完成 NIPT 的性能評價是非常困難的；實驗室需建立標準操作程序，并需考慮到開展大量樣本檢測后，出現文庫構建失敗、檢測過程操作錯誤、QC 未通過以及“灰區”樣本需復檢等情況，以及針對此情況，評價可能對檢測流程和報告時間產生的影響；在當前的實驗室環境條件下，儀器設備經過一定時間的運行后，是否仍能夠保持良好的性能，能否保持原有的 QC未通過率以及檢測失敗率；此外，也不排除技術快速的發展，新的檢測平臺的出現，或者在原有檢測平臺上的進一步更新，導致現有的檢測平臺可能面臨更新或淘汰。

　　臨床實驗室需明確，基于高通量測序的 NIPT，只是一種篩查試驗，而不是診斷試驗，遺傳咨詢和進一步的檢測非常重要。并且由于檢測原理是基于外周血游離 DNA，因此具有一定的檢測局限性，例如母體嵌合、胎盤嵌合、雙胎、外周血胎兒游離 DNA 比例低等均會對結果產生影響。

　　總結：無創產前檢測離規范使用又近了一步

　　不管怎樣，衛計委發布室間質評，就已預示著這項技術成熟、臨床應用急需的檢測離規范使用又近了一步，而2014年率先通過室間質評的技術平臺，例如上文提到的華大基因、達安基因、貝瑞和康、博奧生物等公司，無疑將在后續競爭中獲得合作終端和客戶更多的信任。

　　附：衛生部臨床檢驗中心2015年全國外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測室間質量評價通知