性別發育異常
區別雄性及雌性的物質基礎是性染色體，哺乳動物胚胎發育中，雌性表型不需要任何調節，而雄性表型則由多因素決定，位于Y染色體上的指導雄性性別分ss化的基因命名為睪丸決定因子（TDF）。現代研究表明，SRY（Sex-determining region of Y chromosome）基因是TDF基因，位于Y染以體短臂末端。SRY區缺失易導致46XY核型個體發育成女性。進行基因檢測可以檢出SRY基因組的易位及缺失，從而診斷性別發育異常，這一探索性別異常的研究非常熱門。另外還有一種46XY核型異常的病人即睪丸女性化，這是用于雄激素受體（androgen receptor,AR）基因缺欠，使雄激素的靶基因對雄激素不應答就答或不全而引起的，根據病情的不同有不同的表型，AR缺陷有很高的新生突變頻率，表現為無家族史的散發病。AR基因長90Kb，位于X染色體上，AR基因異常大部分為個別基因堿基的突變，可以通過PCR結合ASO或SSCP檢出。
脆—X綜合征
脆—X綜合片（fragile-X Syndrome,Frax）是發病率最高的一種X-連鎖的智力低下綜合癥（X-linked mental retardation XLMR）。因這種綜合癥與X染色體上的脆位點連鎖而得名。大多數FRAX男性智商（IQ）低于50，并有隨著年齡增長而下降的趨勢。用人工酵母染色體（artificial yeast chromosome,YAC）克隆技術分離獲得覆蓋X-脆位點區域的YAC克隆，在這一克隆中獲得一個能在人腦中表達的基因命名為FMR-1（fragile X mentai retardation-1）,FMR-1的5‘端有一個CGG（精）三核苷酸串（CGG）n,正常人群中（CGG）n中存在多態性，重復序列為6-46個，當重復超過52個時，此區域的分裂呈不穩定，導致重復序列大幅度增加，無臨床表現的攜帶者插入片段長度小于500bg，有臨床表現者，長度都大于600BP而且伴有甲基化。人們將500bp作為前突變與全突變的分界線。對Frax的診斷以前用細胞遺傳學的方法檢測脆位點，實驗條件嚴格，成功率不高。現在采用分子遺傳學方法即可診出前突變及全突變。用PCR擴增CGG重復序列，檢測擴增產物的長度。突變基因的擴增片段增大，體細胞異質性時出現多條長度不等的擴增帶甚至拖尾成一片，或者因為擴充的全突變插入片段過長超出PCR擴增能力而結果無擴增現象。