目前實時定量PCR作為一個極有效的實驗方法，已被廣泛地應用于分子生物學研究的各個領域。
實時熒光定量PCR 技術的主要應用：
DNA或RNA 的絕對定量分析：包括病原微生物或病毒含量的檢測,轉基因動植物轉基因拷貝數的檢測，RNAi 基因失活率的檢測等。
基因表達差異分析：例如比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異(如藥物處理、物理處理、化學處理等 )，特定基因在不同時相的表達差異以及cDNA 芯片或差顯結果的確證。
