色譜工作站又分為可否反控兩大類。
可反控工作站：不但能記錄與處理色譜數據，而且可以反控高效液相色譜儀的各個組成單元。因為一些控制指令接口與數據傳輸的技術性問題，可反控工作站一般是各大儀器廠商自行研發與設計的，互相之間不能通用。
不可反控工作站：僅能記錄與處理色譜數據，不可反控高效液相色譜儀。不可反控工作站通常是外掛式的，包含硬件和軟件兩大部分，硬件部分主要是一個A/D轉換器，將高效液相色譜儀傳輸來的模擬信號轉換成數字信號，再輸進計算機；軟件部分主要功能就是把硬件傳輸來的數字信號轉換成圖譜并進行積分計算等操作。
不可反控工作站的優點是通用性強，但是不可反控儀器、不便進行自動化操作。
