主要依據病史、體征以及尿細菌學檢查進行診斷，應注意有無下尿路感染及身體其他部位的感染史。
急性腎盂腎炎一般有典型的尿路刺激癥癥狀，加上尿細菌學培養陽性，即可作出診斷，若僅有高熱而尿路癥狀不明顯者，需連續兩次培養均≥10/ml，且為同一種菌，才能確診。
慢性腎盂腎炎通常泌尿系癥狀不明顯或間歇出現尿異常，故診斷不能簡單的依據發病時間的長短。應通過反復檢查尿常規及尿細菌培養，證實尿路感染，并通過靜脈腎盂造影證實有腎盂腎盞瘢痕形成。
