細胞內部內膜系統各個部分之間的物質傳遞常常通過膜泡運輸方式進行。如從內質網到高爾基體；高爾基體到溶酶體；細胞分泌物的外排，都要通過過渡性小泡進行轉運。膜泡運輸是一種高度有組織的定向運輸，各類運輸泡之所以能夠被準確地運到靶細胞器，主要是因為細胞器的胞質面具有特殊的膜標志蛋白。許多膜標志蛋白存在于不止一種細胞器，可見不同的膜標志蛋白組合，決定膜的表面識別特征。胞內膜泡運輸沿微管或微絲運行，動力來自馬達蛋白（motor proteins），與膜泡運輸有關的馬達蛋白有3類。
