錐蟲在生活過程中，產生大量有毒代謝產物，宿主產生溶解錐蟲的抗體，使錐蟲溶解死亡。釋放出毒素。這些毒素，作用于中樞神經系統，引起機能障礙，體溫升高，運動失調，繼而侵害造血器官，使紅細胞溶解，導致紅細胞數減少出現貧血；毒素對血管壁滲透作用的損傷，導致皮下水腫。蟲體對糖的大量消耗，可引起低血糖癥和酸中毒現象。后期由于氧化不全的產物蓄積，使中樞神經系統遭到抑制，引起精神沉郁，以至昏迷等癥狀。病尸高度消瘦、血液稀薄、凝固不全。全身皮下尤其是胸前及腹下水腫和膠樣浸潤。肝臟、心臟、脾臟不同程度腫大，心內、外膜有明顯的出血斑。心肌炎病變明顯，切面呈熟肉樣。第三、四胃黏膜有出血點或出血斑，小腸有出血性炎癥。
