tDEG（轉錄組差異表達基因深度分析）

 本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；對兩個以上生物學樣本之間的差異表達基因進行可信分析；對差異表達所揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題的答案。

我們的流程：

1.   Pretreatment（有效序列Reads提取）

l  高通量測序質量評估，獲得測序有效讀長。

l  剔除每條序列中的index序列和adaptor序列。

l  獲得有效序列總數。

2.   Mapping (全基因組定位)：讓您“看見”自己樣品中mRNA和ncRNA的分布狀態。

l  Read mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.

l  Genomic distribution of the mapped reads。包括不同基因區域分布分析：

（1）mRNA and ncRNA region

      （2）sense and antisense region

      （3）5’UTR, CDS, 3’UTR, intron, intergenic region

3.   mRNA coverage analysis（mRNA覆蓋度分析 ）：讓您“看見”自己樣品中mRNA的質量和特征。

l  盒須圖分析mRNA不同區的reads coverage，以intron區作對照。

l  Reads 在均一化的mRNA上的分布圖。

4.   Expression analysis (mRNA 表達量分析)：讓您“看見”自己樣品中每個基因的表達量。

l  通過嚴格的標準化獲得您樣品中每個基因的可信表達豐度，并且全部提交給您。

l  免費提供10個您所感興趣基因的“有效reads在全基因上分布情況的可視化圖“。

l  根據表達豐度對您樣品中的基因分布趨勢進行可視化。

5.   DEG analysis（差異表達分析）：讓您“發現”自己的實驗組與對照組樣品中相應的差異表達基因，及其它們所在的生物學通路，幫助您“揭示”自己所感興趣生物學、醫學和農業問題的答案。

l  不同的實驗樣品與對照樣品對比，獲得高可信度的差異表達基因。

l  對差異表達的基因進行功能聚類分析。

l  根據功能聚類，從您前期的研究成果和您研究領域的最新進展“挖掘出”您感興趣問題的答案。

6.   Co-DEG analysis（共差異表達分析）：讓您“發現”不同實驗組樣品中基因表達共同發生變化的趨勢，所在的生物學通路，幫助您快速“揭示”自己所感興趣生物學、醫學和農業問題的答案。

l  在DEG分析的基礎上，對三個以上的生物學樣品根據需要進行共差異分析。

l  發現共同變化基因。包括同向變化（共同上調，共同下調）和異向變化。根據同向調控趨勢“揭示”不同實驗樣品之間內在的聯系。

l  對差異表達的基因進行功能聚類分析。

l  根據功能聚類，從您前期的研究成果和您研究領域的最新進展“挖掘出”您感興趣問題的答案。

7.   為客戶提供DEG和Co-DEG結果的驗證策略。

8.   為客戶提供5和6中所揭示出來的內在生物學規律和機制的驗證方案。

我們的承諾：

l  提交您專業的項目結題報告。

l  兩個生物學樣品分析完成時間一般為5-7個工作日。

l  三個生物學樣品分析完成時間一般為6-9個工作日。

您需要提供的樣品：

如果您的RNA-seq過程不是在本公司完成，請您提供原始測序數據，樣品介紹，以及您的項目需求。分析結果的可信度和深度依賴于您的測序質量和有效reads的數量。

您可以期待超值禮物在您的項目結題報告中

l  我們將針對每一個高級分析流程，為您輸出高質量的專業結果展示圖片和圖表，每個結果予以嚴謹專業的中英文對照說明。

l  我們針對分析獲得的結果，您提供的前期實驗結果以及相關領域的研究進展，揭示出至少一個重要的基因表達和調控規律。并用嚴謹的科學論述方式展示給您。讓您體會一流專業的愜意。