為適應不斷變化的外界環境，微生物的各種性狀都可能發生突變。按突變體的表型特征不同，可將突變分為以下幾種主要類型：
形態突變型
當外界環境條件改變時，微生物的形態很容易受其影響而發生突變。如炭疽桿菌在正常培養基中生長時，菌體粗大，兩端平截或凹陷，排列似竹節狀，但在含有低濃度青霉素的培養基中生長時，可發生形態變異，菌體腫大呈圓球狀，鏈狀排列而呈串珠狀。有些真菌在長期保藏過程中孢子的大小、顏色都可能發生改變。 [2]
致死突變型
致死突變型指由于基因突變而造成個體死亡的突變類型。造成個體生活力下降的突變型稱為半致死突變型。 [2]
條件致死突變型
條件致死突變型是在某一條件下呈現致死效應，而在另一條件下卻不表現致死效應的突變型，如廣泛應用的溫度敏感突變型。 [2]
抗原突變型
抗原突變型是指細胞成分，特別是細胞表面成分（如細胞壁、莢膜、鞭毛等）的變異而引起抗原性變化的突變型。 [2]
營養缺陷突變型
營養缺陷突變型是指由于外界環境改變而使微生物喪失了合成一種或幾種營養物質的能力，從而無法在基本培養基上正常生長，只能在添加了相應缺陷營養物質的補充培養基中才能正常生長繁殖。營養缺陷型突變株在生產實踐和科學研究等領域中有重要的應用價值。 [2]
抗性突變型
抗性突變型是指微生物對某種化學藥物或致死物理因子抗性的突變。根據其抵抗對象的不同可分為抗藥性、抗紫外線或抗噬菌體等突變型。這些突變類型極易獲得，已廣泛應用于遺傳學基本理論的研究中，主要用作選擇性標記菌種。 [2]
除上述主要突變類型以外，還有其他一些突變型，如毒力、糖發酵能力、代謝產物的種類和數量以及對某種藥物的依賴性突變型等。