質譜部分的維護
質譜部分的維護一般可以按照以下日程進行：
每天沖洗樣品通路、清潔噴霧式;每周檢查粗真空泵油的液面;更換粗真空泵油，檢查軟管、軟線和電纜；
清空排污瓶可以每半年進行一次;另外在日常的試驗中，根據試驗需要清潔機殼，更換噴霧針，清潔或更換整個毛細管、分離器及透鏡。
重要的是每天沖洗系統和清潔噴霧室。毛細管和第①級錐孔要盡可能潔凈。
6個月更換機械泵油，需要時更換電子倍增器。
錐孔的清潔維護
定期清洗一級錐孔，一般兩周清洗一次，若進樣數量較大，則盡量一周清洗一次，根據樣品數量多少及時清洗。
清洗時將離子源溫度降到室溫，注意關閉阻斷閥，旋開固定錐孔的兩個螺絲，取下錐孔滴甲酸數滴，浸潤幾分鐘，在甲醇：
水為50:50溶劑中超聲清洗15分鐘，切記：避免手觸碰到錐孔尖以免影響靈敏度。
長期進行一級錐孔的清洗，可相應減少較為復雜的二級錐孔、六級桿等的清洗，這些清洗相對復雜；
在進行相關部件清洗時避免用棉花等擦拭關鍵部位，避免殘留的毛絨纖維干rao儀器的靈敏度。
粗真空泵的維護
真空泵包括需油的回轉泵及無油的渦旋泵，真空泵需注意觀察潤滑油是否出現渾濁或缺油的情況，及時更換潤滑油。
泵的油面宜在2/3處，泵長期運作時每周需要擰開灰色震氣閥按鈕進行半小時震氣，使油內的雜物排出，油霧過濾器中的油放回到泵中；
然后再擰緊該旋鈕，如果發現油的顏色變深或液面降至1/2以下，需及時更換并保存更換記錄，注意專油;
無油渦旋泵，也需定期維護，一般半年到一年時更換葉端密封，每天需要震氣。