電離源產生的不同離子之間能夠互相反應，使得電離的結果更加豐富而復雜。比如在EI的作用下能夠產生大量的離子，內能較大的離子在與中性分子（如He）碰撞時能夠自發裂解產生更多的碎片離子。這種離子-分子反應一般很難進行完全，往往在得到許多碎片離子的同時還保留著部分母體離子，不過，通過增加離子內能（如調節碰撞時間，EI能量和中性粒子數量等），可以促使這種離子-分子的反應進行完全；反之，如果降低離子內能，則可能得到穩定的該離子而不是該離子的碎片。相對 EI 而言，CI，DI 和 SI 都是軟電離源。借助激光和基體輔助，DI甚至能夠對沉積在某個表面的難揮發、熱不穩定的固體化合物進行瞬間離子化，得到比較完整的分子離子。SI的出現解決了生物大分子的進樣問題，給質譜法在生命科學領域的應用，尤其是大分子生命活性物質如蛋白質、DNA 等的測定提供了非常便捷有效的手段，其作用也因其創立者獲得 2002 年的諾貝爾化學獎而分外受到世人矚目。考察電離源的性能，一般需要用到的參數有信號強度、背景信號強度、電離效率、內能控制能力。