DNA介導的親和性標記幫助實現了活細胞表面膜蛋白靶標的特異性標記。
細胞膜就像一個巨大的、復雜的、不可預知的海洋。膜蛋白是海洋中的巖石和島嶼。用DNA標簽標記膜蛋白靶標,就像在靶標蛋白上有一座燈塔,引導特異性篩選DNA編碼的化學文庫,以發現藥物。圖片來源:香港大學
存在于細胞表面的膜蛋白,具有多種對細胞和生物組織至關重要的生物功能,因此,許多疾病均與膜蛋白功能異常有關。但針對膜蛋白的藥物開發仍然面臨巨大的挑戰,這主要源于細胞膜的特殊結構和性質。此外,膜蛋白難以通過人工表達純化的方式來研究,這是因為在離開細胞的環境后,膜蛋白會失去重要的生物特質,并可能會因此失去生物活性。實際上,在制藥行業中,膜蛋白一直被認為是一種“不可成藥”的藥物靶標。
研究人員利用先前開發的一種“DNA介導的親和性標記 (DPAL)”方法,克服了靶標蛋白特異性的問題,并利用了基于DNA的探針體系,實現了活細胞表面膜蛋白靶標的特異性標記,采用DNA作為信標,在目標膜蛋白上安裝一個“跟蹤器”實現篩選靶標特異性。
針對藥物篩選中往往需要較高的靶標濃度來促進平衡移動,以捕獲高結合力的配體分子,而通常膜蛋白在細胞表面的豐度遠遠低于所需。為了解決這個問題,該團隊采用了一種新的策略,使得靶蛋白的DNA標簽與分子庫中DNA序列互補,提高了膜蛋白靶標的有效濃度;也就是說,“跟蹤器”不僅可以幫助找到靶標,還可以吸引分子庫中的化合物聚集在目標周圍,完成藥物篩選。
在論文中,團隊詳述了他們的研究方法,并且用一個含有3042萬化合物的DEL,對抗癌藥物的三個重要靶蛋白:葉酸受體 (FR)、碳酸酐酶12(CA-12)及表皮生長因子受體(EGFR)進行了篩選研究。該方法有望更廣泛地應用于多種膜蛋白靶標,例如可以對一些經典藥物靶蛋白進行研究,如GPCR和離子通道,在活細胞環境中利用DEL來發現新穎的藥物先導化合物。
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