全球微生物模式基因組測序計劃獲進展

　　近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。

　　模式菌株（type strains）是在給微生物定名、分類記載和發表時，以純菌狀態所保存的菌種，是微生物分類學的標準參考物質，也是理想的生物技術研究工具，具有重要的科研和產業價值。模式菌株長期以來分散在全球100余個保藏中心，是珍貴的資源。2018年，微生物所牽頭發起全球模式微生物基因組測序計劃，從全球微生物資源保藏中心選擇目前未進行測序的模式微生物菌株（包括細菌、古菌和可培養真菌），預計5年內完成超過10,000種的細菌、真菌、古菌模式菌株基因組測序，建立全球微生物模式菌株基因組測序合作網絡，美國典型菌種保藏中心、日本理化學研究所生物資源中心、日本技術評價研究所生物資源中心、韓國典型菌種保藏中心等微生物資源保藏中心已正式加入該計劃并形成階段性成果。

　　目前，國家微生物數據中心已形成國際引領的微生物大數據平臺體系。其中，全球微生物菌種目錄（Global Catalogueof Microorganism, gcm）集成了全球50個國家133個微生物資源中心46萬微生物菌種資源數據（Nucleic Acids Research, 2016），是目前最大的微生物實物資源數據平臺。全球模式微生物基因組數據庫（Global Catalogueof Type Strain, gcType）整合了16701個有效發表的原核生物的超過13,944個基因組數據（Nucleic Acids Research, 2020），是目前在模式微生物基因組方面數據最全面，功能最完善的數據平臺，為用戶提供一站式的數據管理和基因組注釋、新種鑒定等分析。全球微生物組數據庫（The GlobalCatalogue of Metagenomics, gcMeta）整合了超過200TB宏基因組相關數據和超過100個在線數據分析工具及整合的工作流（Nucleic Acids Research, 2019）。

　　國家微生物科學數據中心持續為多個國家的用戶提供高質量的數據服務，致力于建立國際一流的微生物數據中心。國家微生物科學數據中心博士史文聿、孫清嵐為論文的共同第一作者，研究員馬俊才、吳林寰為論文的共同通訊作者，國內外22個團隊共同參與了論文的相關工作。研究工作得到中科院國際大科學培育專項計劃、科技部國家微生物科學數據中心、中科院微生物學科數據中心、中科院戰略性先導科技專項（A類）、中科院戰略生物資源網絡計劃等的支持。

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