1、X線檢查，嗜酸細胞性胃腸炎缺乏特異性，X線鋇餐可見黏膜水腫，皺襞增寬，呈結節樣充盈缺損，胃腸壁增厚，腔狹窄及梗阻。
2、CT檢查，可發現胃腸壁增厚，腸系膜淋巴結腫大或腹水。
3、內鏡及活檢，適用于黏膜和黏膜下層病變為主的嗜酸細胞性胃腸炎。鏡下可見黏膜皺襞粗大、充血、水腫、潰瘍或結節，活檢從病理上證實有大量嗜酸粒細胞浸潤，對確診有價值。但活檢組織對于肌層和漿膜層受累為主的病人價值不大，有時需經手術病理證實。
4、腹腔穿刺，腹水病人必須行診斷性腹腔穿刺，腹水為滲出性，內含大量嗜酸性粒細胞，必須做腹水涂片染色，以區別嗜酸性粒細胞和中性粒細胞。
5、腹腔鏡檢查，腹腔鏡下缺乏特異性表現，輕者僅有腹膜充血，重者可類似于腹膜轉移癌。腹腔鏡檢查的意義在于進行腹腔黏膜組織活檢，得到病理診斷。
6、手術探察，對于懷疑嗜酸細胞性胃腸炎一般不行剖腹探查術來證實，但當有腸梗阻或幽門梗阻或懷疑腫瘤時才進行手術。