(1)感染性腸炎：很多感染性腸炎如沙門菌、志賀菌、大腸埃希菌、耶爾森菌、阿米巴原蟲和難辨梭狀芽孢桿菌所致腸炎表現為急性起病的黏液膿血便、血便，結腸鏡下所見及組織學改變，如黏膜血管紋理模糊、紊亂，充血、水腫、易脆、出血、糜爛、潰瘍，急性或慢性炎癥細胞浸潤，與早期或不典型UC相似。因此，UC應與上述疾病相鑒別。
①一般細菌性腸炎：UC與多數細菌性腸炎的主要區別在于癥狀持續時間。UC所致血便、黏液膿血便常常持續數周至數月不等，而細菌性腸炎的血性腹瀉則較短。由沙門菌、志賀菌、彎曲菌感染引起的腸炎雖然癥狀類似于UC，但血便一般在3～5天后即可得到緩解。耶爾森菌感染性腸炎癥狀持續14～17天。細菌性腸炎大便培養可陽性。UC與感染性腸炎另外一個重要區別在于病理改變，UC常有隱窩結構的改變，呈不規則扭曲和分叉狀，數量減少，黏液分泌缺失及隱窩擴張。
②難辨梭狀芽孢桿菌性腸炎：亦稱假膜性腸炎，腹瀉可持續數周至數月，但該病患兒在發病前多有服用抗生素史，水樣便多見，血便少見，大便中可有大小不等的假膜，結腸鏡下可見腸壁上附有典型的圓形或橢圓形黃色假膜有助于與UC相鑒別。必要時作難辨梭狀芽孢桿菌(CD)毒素測定。
③溶組織阿米巴腸炎：癥狀持續數周至數月，大便呈暗紅色果醬樣，重者可為全血便，結腸鏡下表現為灶性、出血性潰瘍，中央開口下陷，呈燒瓶樣，病灶之間黏膜正常。而UC呈彌漫性改變。有條件者應作阿米巴血清學試驗。
(2)缺血性結腸炎：發病年齡大，多為老年人，結腸鏡下主要表現為水腫、紅斑和潰瘍形成，病變以結腸脾曲、降結腸和乙狀結腸為主，直腸很少受累。
(3)放射性結腸炎：是盆腔或腹部放射治療后發生的并發癥，以累及直腸、乙狀結腸多見。放射線對腸管的損傷作用，主要是抑制上皮細胞有絲分裂和引起黏膜下小動脈閉塞性炎癥和靜脈內膜炎導致腸壁缺血性改變。放療后出現腹瀉，多為黏液血便。結腸鏡下可見受累腸段彌漫性充血水腫，并有紅斑及顆粒樣改變，易脆、糜爛、潰瘍；晚期黏液蒼白，黏膜下血管異常擴張，腸管狹窄，腸壁增厚。結腸病理改變為炎癥細胞浸潤和黏膜下小血管炎或毛細血管擴張。
