膠原疾病性貧血發病機制可能與感染性貧血相似，主要與鐵代謝異常有關。本病患兒鐵吸收后多數被轉運到單核?巨噬細胞系統，并在其間沉積。在類風濕性關節炎時，鐵還可沉積于關節腔的滑膜組織，結果血清鐵減少。骨髓紅細胞系統增生減低，紅細胞利用鐵的能力下降，而出現貧血。系統性紅斑狼瘡尚合并有自家免疫性溶血或腎功能衰竭而加重貧血。急性類風濕性關節炎因使用腎上腺皮質激素或水楊酸鈉治療，常可致腸道出血以及葉酸缺乏。結節性動脈周圍炎也可因反復出血而引起輕度小細胞低色素性貧血。
