凝膠電泳常見問題分析

1、要跑瓊脂糖凝膠電泳，5ng就能很清楚的跑出來，是這樣嗎？能夠照相的清楚的條帶，至少需要多少量呢？

參考見解 ： 5ng已經可以了，但是或許20ng～200ng效果好，在此范圍內呈線性。

2、把210bp的PCR產物進行酶切，得到190+20bp的兩個片段，請問能用瓊脂糖凝膠電泳檢測酶切結果嗎？用多大濃度的膠和多大的電壓呢？

參考見解： 可以用瓊脂糖凝膠電泳分開，電壓不變，可用1.5%到2%的膠，20bp得片斷不一定能看得到，所以應用未酶切的PCR片斷作對照。

丙烯酰胺凝膠電泳更適合于分離純化小分子量核酸（5～500bp）并且分辨率高，可以達到1個bp。所以建議進行丙烯酰胺凝膠電泳試試。

3、Marker做瓊脂糖凝膠電泳，發現Marker在加樣孔有一個明顯的亮帶，什么原因？

參考見解： marker有時會出現這樣的問題,應該是時間久了。新買時跑膠在點樣孔沒有,過一段時間就會在點樣孔出現亮點。也可能是蛋白，有時DNA提的不純含有蛋白時就會出現上樣孔有條帶的現象。

4、瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA時，跑出的帶后面出現拖尾現象，什么原因造成的？

參考見解：

（1）DNA降解——避免核酸酶污染。

（2）DNA上樣量過多——減少凝膠中DNA上樣量。

（3）所用電泳條件不合適——電泳時電壓不應超過20V/cm，溫度＜30℃，巨大DNA鏈，溫度應＜15℃，核查所用電泳緩沖液是否有足夠的緩沖能力。

（4）DNA樣含鹽過高——電泳前通過乙醇沉淀去除過多的鹽。

（5）有蛋白污染——電泳前酚抽提去除蛋白。

（6）DNA變性——電泳前勿加熱，用20mM NaCl緩沖液稀釋DNA。

5、將從組織提取的DNA進瓊行脂糖凝膠電泳，用的1.5%的膠加了EB，80V跑1小時，溴酚藍已經跑到頭了，在紫外燈觀察什么帶也沒有，只見孔里面有橘紅色的亮光。好像沒跑出來，是怎么回事？

參考見解：

（1）根據目的條帶長度來調整凝膠濃度，一般1.5%左右，也不一定。

（2）紫外燈下沒見帶，不一定沒有出孔，而是量少看不到，可以測一下濃度看一下，或直接試跑一下PCR。

（3）最好加一個marker孔，尤其你第一次跑膠時。

（4）電泳時間可能過長，一般75v×30min左右，但是具體看溴酚藍的離孔距離和目的條帶離孔距離。