利用基因芯片檢測尿液游離DNA樣本

　　膀胱尿路上皮癌具有復雜多樣的特征，其中一部分原因是基因組多樣化所致。1,2Togneri等在《European Journal of Human Genetics》上發表的文章中稱，尿液樣本上清液中的游離DNA（cfDNA），與從制成顆粒的尿液細胞材料或傳統腫瘤組織樣本中獲得的DNA相比，檢測基因組腫瘤標記物的能力更強。3該研究結果對于擴展全基因組腫瘤分析在UBC中的應用，在無需進行有創活檢的前提下，疾病監控和臨床決定具有重要意義。

　　所有樣本均使用Affymetrix OncoScan FFPE芯片進行試驗與數據分析，并通過OncoScan 3.01軟件找到與臨床相關的拷貝數變異（CNV）和雜合性缺失（LOH）。

　　原文如下：

　　本研究中包含的患者（n=23）均經鏡膀胱鏡確診為原發性UBC。研究材料來自于生物標本儲藏室，每份樣本均具備相應的FFPE組織、尿細胞顆粒，以及5 mL以上可用于分析的尿上清液cfDNA。3

　　此文作者重點講述了UBC面臨的臨床挑戰，包括需要長期密切關注，腫瘤復發、進展和患者死亡的風險差別大。這些問題到目前為止無法利用確定的預后生物標記進行評估。3研究者發現UBC的臨床特性具有多樣性，究其原因，部分乃基因組復雜性所致。以往，人們多采用福爾馬林固定和石蠟包埋或冷凍的新鮮腫瘤組織樣本進行檢查。1,2,3

　　獲取此類組織往往需要有創臨床操作，而這些操作既不能適用于全部患者，也不利于疾病的繼續治療和監控。因此，人們開發出通過尿液評估UBC腫瘤基因組的諸多方法。這些方法多采用來自于尿液腫瘤細胞顆粒的DNA，或者離心尿液上清液中的游離DNA（cfDNA）。3前者在某種程度上受到脫落細胞數量的限制。如果脫落細胞少，可用于分析的DNA含量也就不多。

　　此前研究已經證明，尿液cfDNA具有富含腫瘤細胞DNA的優點，尿液樣本中也含有正常組織胚系的DNA。4故此，本研究旨在對比利用FFPE腫瘤組織、尿液細胞顆粒和上清液中cfDNA對UBC進行基因組分析的結果。3

　　值得注意的是，研究者們通過進一步對比分析表明，尿液cfDNA能比細胞DNA發現更多的腫瘤基因組負荷（tumor genome burden），而且胚系DNA污染少(P <.001)。3 來自于尿細胞顆粒的DNA與上清液中cfDNA相比，靶向突變的檢出率也較低。FFPE檢驗的23份樣本中有6份不能獲得充足的細胞材料，相比之下23份尿上清液樣本中，能夠提供足夠cfDNA并準確檢測出樣本中基因組異常的樣本有22份，這一點證明了細胞DNA的局限性。3

　　其他試驗也表明cfDNA與FFPE樣本相比的潛在優勢，證據為異常腫瘤基因組負荷較多。另外一例患者的FFPE樣本無法提供分析所需的DNA，只有cfDNA樣本能檢測出腫瘤基因組。cfDNA檢測出FFPE樣本已確定的關鍵基因組標記物（17份樣本）的平均分析敏感性約為90%。相比之下，尿細胞DNA樣本的該平均分析敏感性為61%（15份樣本），因此兩種DNA來源的分析敏感性差異顯著(P <.04)。3

　　數據總體表明，尿液游離DNA（cfDNA）與來自于尿液細胞或FFPE的DNA相比，能提供膀胱尿路上皮癌（UBC）患者更具有代表性的腫瘤基因組樣本。據研究者推斷，壞死腫瘤細胞的數量相對于正常上皮細胞數量增多，提高了UBC患者尿cfDNA表達腫瘤基因組的能力。FFPE樣本中診斷所需的有用生物標記，均能可靠地被尿cfNDA概括，而且敏感性更強。3

　　研究者在非UBC患者中發現前列腺癌，進一步表明尿cfDNA基因組分析不僅限用于UBC。研究結果表明，該cfDNA分析是腫瘤診斷和監控的有用手段，并用于預后和預示治療的生物標記識別。此外，它還具有完全無創的優點，適用于更廣泛的UBC患者。