制備互補DNA，往往需要先分離從目的基因轉錄來的mRNA.如果該基因編碼的蛋白質是細胞中的主要蛋白質，則此基因的產物是總mRNA的主要組成部分 。就胰島B細胞而論，此細胞含有高水平胰島素前體mRNA，后者有時可以沉淀正在翻譯的mRNA的核糖核蛋白體，如果用特異抗體結合所表達的蛋白質(抗原)，則可從沉淀的核糖體中分離出胰島素特異的mRNA，一般特異mRNA只是細胞總mRNA中的次要成分。在這種情況下，不得不以密度梯度離心，按分子量大小把總mRNA分開，然后把分離開的mRNA直接用于試管中表達蛋白質(用家兔網織細胞的溶胞產物或小麥胚芽提取物作為翻譯系統的誘導物)再用免疫沉淀或聚丙烯酰胺凝膠電泳從許多表達的蛋白中測定出目的蛋白，從而確定表達該蛋白的特異mRNA。
