1) 病毒性腦膜炎 腦脊液白細胞計數通常低于1000×10∧6/ L，糖及氯化物一般正常或稍低，細菌涂片或細菌培養結果陰性。
2) 結核性腦膜炎 通常亞急性起病，腦神經損害常見，腦脊液檢查白細胞計數升高往往不如化膿性腦膜炎明顯，病原學檢查有助于進一步鑒別。
3) 隱球菌性腦膜炎 通常隱匿起病，病程遷延，腦神經尤其是視神經受累常見，腦脊液白細胞通常低于500×10∧6/L，以淋巴細胞為主，墨汁染色可見新型隱球菌，乳膠凝集試驗可檢測出隱球菌抗原。
