北大、首都醫科大聯合開發癌癥檢測新技術

　　來自北京大學、首都醫科大學的研究人員報告稱，他們開發出了一種稱作為MCTA-Seq（methylatedCpGtandemsamplificationandsequencing）的新方法，可在全基因組范圍檢測肝癌循環游離DNA中的超甲基化CpG島。這一重要的研究成果發布在10月30日的《細胞研究》（CellResearch）雜志上。

　　北京大學生命科學學院的湯富酬(FuchouTang)研究員、黃巖誼(YanyiHuang)研究員以及首都醫科大學彭吉潤(JirunPeng)教授是這篇論文的共同通訊作者。

　　異常的DNA甲基化改變，包括CpG島(CGIs)超甲基化及廣泛低甲基化，是包括肝細胞癌（HCC）在內的幾乎所有人類癌癥類型的標志性特征。檢測循環游離DNA(ccfDNA)中超甲基化的CpG島成為了診斷、預測和監測癌癥一種有前景的非侵襲性方法。

　　然而由于ccfDNA高度碎片化，且癌癥相關的ccfDNA只占總ccfDNA的小部分，在技術上面臨著極大的挑戰。盡管新一代測序(NGS)技術在DNA甲基化組分析方面取得了快速的發展，當前尚未有報道開發出ccfDNA超甲基化的全基因組檢測方法。盡管許多的全基因組方法，例如Infiniummethylationarray和簡化代表性重亞硫酸鹽測序(RRBS)技術已成功用于分析細胞和組織樣本。但由于需要相對大量的DNA，且大小選擇步驟不適合于嚴重碎片化的ccfDNA，阻礙了這些技術應用于檢測ccfDNA。

　　肝癌是全球最常見的一種致命惡性腫瘤。盡管早期HCC對治療措施有反應，當前的HCC腫瘤標記物如血清甲胎蛋白(AFP)缺乏足夠的敏感性及癌癥檢測特異性。

　　在這篇新文章中，作者們描述MCTA-Seq方法可以同時檢測出ccfDNA中成千上萬超甲基化的CpG島。只需7.5pg的基因組DNA，即2.5個拷貝的單倍體基因，這一高度敏感的技術就可以起作用。他們分析了來自肝癌患者和對照受試者的一組組織和血漿樣本(n=151)，在血液中發現了數十個高效的、檢測小HCC的標記物。在這些標記物中，有4個(RGS10,ST8SIA6,RUNX2andVIM)具有癌癥檢測特異性，歸類于新一組的另外15個標記物在正常肝組織中超甲基化。

　　結合建立的兩個對應的分類器，研究人員以94%的敏感性和89%的特異性檢測出了肝癌患者(n=36)和包括肝硬化肝患者(n=17)及正常個體(n=38)在內的對照受試者的血漿樣本。值得注意的是，他們成功鑒別出了所有15個甲胎蛋白陰性的HCC患者。比較匹配的血漿和組織樣本表明，癌癥及癌旁組織導致了血漿中甲基化標記物升高。

　　作者們表示，這一MCTA-Seq技術將推動開發ccfDNA甲基化生物標記物，改善臨床癌癥檢測。