單細胞分析揭示癌癥異質性

　　2013年度基因組生物學大會(The Biology Of Genomes 2013)于5月7日晚在美國紐約冷泉港實驗室召開。這是基因組學領域最大的會議之一，吸引了多個著名研究所的大牛參加。會議主題包括高通量基因組學和遺傳學、復雜性狀的遺傳學、功能和癌癥基因組學、計算基因組學、進化基因組學以及群體基因組變異。

　　與其名稱一致，基因組生物學大會聚焦各個基因組的最新進展。盡管人類基因組是本年度最熱門的話題，但會議也介紹了果蠅、小鼠、尼安德特人等方面的研究進展。

　　斯坦福大學的Sofia Kyriazopoulou-Panagiotopoulou在會議上報告，她們通過對髓母細胞瘤(medulloblastoma)中的單細胞進行外顯子組測序，確定了腫瘤中不同的癌細胞類型。

　　髓母細胞瘤是一種主要發生于兒童的腦瘤，分為多個亞型，但Kyriazopoulou- Panagiotopoulou注意到，各個亞型之間的邊界很模糊，一些突變在不同亞型中出現。此外，腫瘤本身是異質癌細胞的集合，它們可能含有不同的突變，有著不同的特征。然而，許多研究癌癥的方法將腫瘤看作一個整體，從而掩蓋了這些差異。

　　因此，Kyriazopoulou-Panagiotopoulou及其同事對髓母細胞瘤中的單細胞進行分析，以便更好地了解這些癌癥的異質性以及它們的進化。

　　她們對來自一名9歲女孩的髓母細胞瘤中的30個細胞進行了外顯子組測序，并以外周血淋巴細胞作為對照。她們也研究了大部分腫瘤和復發腫瘤的全基因組。

　　分析結果表明，原發性髓母細胞瘤由不同的細胞類型組成，而強有力的證據表明，拷貝數變異在腫瘤中發揮作用。 Kyriazopoulou-Panagiotopoulou指出，腫瘤樣品中有著廣泛的CNV變化，而對照血液樣品則有著恒定的CNV水平。這些變化可區分腫瘤細胞和正常細胞。

　　此外，原發性髓母細胞瘤中的一部分細胞似乎在復發腫瘤中越來越常見。“沒有單細胞分析，我們不可能發現原發和復發腫瘤之間的重疊，”Kyriazopoulou-Panagiotopoulou談道。

　　利用拷貝數變異，Kyriazopoulou-Panagiotopoulou及其同事計算出腫瘤細胞亞型的系統發育關系，以及哪些突變發生在早期，而哪些是隊列特異的。

　　Kyriazopoulou-Panagiotopoulou認為，單細胞分析方法讓人更好地了解腫瘤的細胞亞型，這有助于更好治療策略的開發。