單細胞RNA測序發現新的免疫細胞

　　最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。

　　先天淋巴細胞（ILC）是一組免疫細胞，只在最近才在人類中被發現。目前關于ILCs的知識，來源于胃腸道炎癥或感染的動物研究。因此，迫切需要在人類中更多地了解這些細胞。

　　以前的研究表明，ILCs對于維持粘膜的屏障功能非常重要，粘膜作為肺部、腸道和其他部位抵御微生物的第一道防線。然而，盡管有越來越多的證據表明，ILCs與一些疾病有關，如炎癥性腸道疾病、哮喘和腸癌，但是，仍然需要進行基礎研究，查明它們到底起了什么作用。

　　由Rickard Sandberg和Jenny Mj?sberg帶領的兩個研究小組，對來自人類扁桃體的ILCs進行了一項合作研究。迄今為止，人類ILCs的三個主要群體都已得到了表征。在目前這項研究中，該團隊使用了一種新的方法，可使他們分選單個扁桃體細胞，并測量成千上萬個基因的表達。這樣，研究人員就可以設法將數百個細胞，一個接一個地進行分類，以定義存在于人類扁桃體中的ILCs類型。

　　卡羅林斯卡學院細胞及分子生物學系的Sandberg教授指出：“我們采用聚類分析表明，基于其獨特的基因表達譜，ILCs與ILC1、ILC2、ILC3和NK細胞聚到一起。我們的分析也發現，以前功能未知的大量基因在ILCs中表達，從而強調這些細胞有可能發揮較以前認為的更多的作用。”

　　通過分析單個細胞的基因表達譜（或轉錄組），研究人員發現，其中一個以前已知的主要細胞群可能要進行細分。

　　卡羅林斯卡學院醫學系的Mj?sberg博士指出：“我們已經確定了三個新的ILC3s亞組，顯示出不同的基因表達模式，并對信號分子的反應及其分泌蛋白的能力，都有所不同。總之，我們的研究已經告訴我們關于‘這個相對未表征的細胞家族’的很多信息，我們的數據將作為其他研究者的一個重要資源。”

　　單細胞基因組學領域近年來發展得非常迅速，為人們揭示了復雜生物學體系的許多重要線索。單細胞測序技術開始成為科研界主流關注的焦點。雖然早在幾年前就開始有研究團體在宣傳、推廣單細胞基因組及轉錄組測序技術，但是這些技術是最近這兩年才開始被大范圍接受。國內外學者在這個領域相繼取得了一系列進展。

　　2015年七月二十三日，北京大學生物動態光學成像中心的黃巖誼、湯富酬課題組在國際著名學術雜志《Genome Biology》發表一項最新研究。該研究開發出一種單細胞通用的、poly(A)-獨立的RNA測序（SUPeR-seq）方法，來測定單個細胞的多腺苷酸RNA和非多腺苷酸RNA（黃巖誼、湯富酬組開發新的單細胞轉錄組測序法）。

　　2015年11月，斯坦福大學的著名學者Stephen Quake及其團隊利用單細胞測序技術，對466個人大腦皮層的單細胞進行了轉錄組測序，通過數據分析發現，單細胞測序結果不但能用于區分神經元、神經膠質細胞以及血管細胞，還能將神經元分為五類興奮性細胞和兩類抑制性細胞（單細胞轉錄組測序，繪制人腦細胞圖譜）。

　　新年伊始，浙江大學和哈佛大學的研究人員對小鼠胚胎干細胞進行了單細胞mRNA-seq分析。他們發現，這些細胞表現出的異質性是血清培養造成的。這項研究發表在一月二十一日的Cell Reports雜志。