PCR是提取細胞或組織中的DNA進行基因擴增反應，而原位PCR是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置上進行基因擴增，不但可以檢測到靶DNA，而且還可以了解靶DNA存在于何種細胞中，更有利于探討靶DNA與細胞之間的關系。
PCR所采用的反應體系能否應用于原位PCR
PCR與原位PCR所采用的反應體系中都包括Taq聚合酶緩沖液、Mg2+、K+、4×dNTP、一對特異性引物和Taq聚合酶。但是由于組織細胞間質會吸附Mg2+，所以原位PCR中采用的Mg2+濃度要比PCR的要高，采用4.5-5.5mM可以保證有足夠的Mg2+進行反應。另外由于原位PCR中的基因擴增過程中，各反應成分須經過滲透到靶DNA處才能進行擴增，所以建議將反應循環數增加到35 個。