基因組學與蛋白質組學兩大巨頭建立合作

　　AB Sciex和Illumina公司近日聯手推出OneOmics? 計劃，其目的是在云計算環境中結合新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）的工具。作為此計劃的一部分，Illumina的應用商店BaseSpace將托管AB Sciex的SWATH? 蛋白質組學云工具，這使得BaseSpace成為基因組學和蛋白質組學“大數據”的一站式中心。

　　SWATH? 采集軟件采用非數據依賴的采集方法，能夠系統地生成完全的、高特異性的碎片離子全貌圖，通過使用目標數據分析法可以查詢任何感興趣的蛋白質是否存在，并對其定量。傳統的“鳥槍法”蛋白質組學測定不完整的蛋白質，故難以重復，而SWATH?軟件解決了數據丟失的問題，第一次讓重復的蛋白質組研究變得可行。

　　據AB Sciex介紹，SWATH軟件能夠一次查看數千個蛋白質，而幾乎不需要方法開發。如今有了云端的應用程序，客戶處理數據的速度可提高50倍。AB SCIEX的總裁Rainer Blair表示：“OneOmics計劃將讓組學研究獲得更好的成果。我們已經開發了四個SWATH app，來支持質譜數據的處理、分析和查看。”

　　這四個應用程序分別為：

　　? Protein Expression Extractor – 處理原始的質譜數據

　　? Protein Expression Assembler – 蛋白質折疊變化分析

　　? Protein Expression Browser – 在生物學背景下查看結果

　　? Protein Expression Analytics – 數據質量審核

　　近年來，NGP和NGS都在不斷產生大量的數據。AB Sciex與Illumina這種伙伴關系能夠安全地存儲、檢索和管理大型的復雜數據集，并在生物學背景下查看它們，從而解決了生物醫學研究中的瓶頸。蘇黎世聯邦理工學院的Ruedi Aebersold教授評價道：“利用這個平臺，研究人員能夠更快更高效地建立可預測、可行動的疾病模型。它讓生物系統的多層析分析的重點從實驗室數據獲取轉移到計算領域，讓大型數據集能夠全球共享。”

　　Illumina負責企業發展的高級副總裁Nicholas Naclerio表示：“這些新的蛋白質組學工具為BaseSpace增添了系統生物學的能力，創建了一個易于使用的云計算環境，實現了快速的數據分析。如今，BaseSpace讓希望從系統水平了解生物學的任何人都能應用信息學。”