有20%～30%重癥潰瘍性直腸炎患者最終手術治療
（1）手術指征需急癥手術的指征有：①大量、難以控制的出血；②中毒性巨結腸伴臨近或明確的穿孔，或中毒性巨結腸經幾小時而不是數天治療無效者；③暴發性急性潰瘍性直腸炎對類固醇激素治療無效，亦即經4～5天治療無改善者；④由于狹窄引致梗阻；⑤懷疑或證實有結腸癌；⑥難治性潰瘍性直腸炎反復發作惡化，慢性持續性癥狀，營養不良，虛弱，不能工作，不能參加正常社會活動和性生活；⑦當類固醇激素劑量減少后疾病即惡化，以致幾個月甚至幾年不能停止激素治療；⑧兒童患慢性結腸炎而影響其生長發育時；⑨嚴重的結腸外表現如關節炎，壞疽性膿皮病、或肝膽疾病等手術可能對其有效果。
（2）手術選擇目前潰瘍性直腸炎有四種手術可供選用。①結直腸全切除、回腸造口術；②結腸全切除、回直腸吻合術；③控制性回腸造口術；④結直腸全切除、回腸袋肛管吻合術。