（1）肺炎支原體 ①冷凝集試驗≥1：32有很大參考價值，該試驗為非特異性，可作為過篩試驗；但傳統的冷凝集素試驗對肺炎支原體（MP）感染的診斷有一定的價值，但其敏感性與特異性均不足，②特異性診斷：包括MP分離培養或特異性IgM和IgG抗體測定。補體結合抗體檢測是診斷MP的常用方法；基因探針及聚合酶鏈式反應技術（PCR技術）檢測MP的特異性強和敏感性高，但應避免發生污染。
（2）衣原體 能引起肺炎的衣原體為沙眼衣原體（CT）、肺炎衣原體（CP）和鸚鵡熱衣原體。細胞培養用于診斷CT和CP，直接免疫熒光或吉姆薩染色法可檢查CT，其他方法有酶聯免疫吸附試驗、放射免疫電泳法檢測雙份血清特異性抗體或抗原、核酸探針及PCR技術檢測抗原。