典型的鞍上生殖細胞瘤起源于第三腦室底部和垂體柄，局部生長可壓迫視丘下部，視交叉及臨近結構，少數起源于鞍內向鞍上生長，可侵犯視神經或視交叉使其增粗變形，表現類似視神經膠質瘤，鞍上生殖細胞瘤的分化度差，惡性程度高，局部多呈浸潤性生長，而且沿腦脊液循環及血循環播散種植或轉移的發生率也較松果體區者高，約為33%，起源于生殖細胞，呈浸潤性生長，大多呈灰紅色，質軟易碎，可見出血，囊變及鈣化，鏡下腫瘤由大的腫瘤細胞和小的淋巴樣兩種細胞組成，前者呈圓形或多角形，胞漿豐富，核大圓，染色體較小；淋巴細胞存在于間質中或混于瘤細胞間，腫瘤惡性度為Ⅱ～Ⅲ級。