總裁專訪：構建后基因組學生態布魯克引領質譜技術前沿

——布魯克生命科學質譜事業部總裁Rohan Thakur博士專訪

隨著第1000套timsTOF的安裝，再次彰顯布魯克在高端前沿質譜領域獲得的巨大成功。近年來，布魯克在單細胞組學、4D多組學、空間定位組學、質譜成像等領域不斷實現技術突破，2024年ASMS，布魯克不僅推出更高靈敏度的timsTOF Ultra 2， 在空間定位組學領域又推出了性能強大更易用的臺式neofleX?，同時推出多款樣本前處理、耗材以及配套軟件方案，它們正一同構建布魯克后基因組學研究的強大組學生態系統。ASMS期間，分析測試百科采訪到布魯克生命科學質譜事業部總裁Rohan Thakur博士，他將為我們詳解新品和已構建的強大組學生態系統，相信在中國新一輪的設備更新中，又會“種草”很多布魯克的粉絲，接下來就讓我們一睹為快吧。

布魯克生命科學質譜事業部總裁Rohan Thakur博士（右），分析測試百科網總經理卞利萍（左）

布魯克生命科學質譜中國區總經理何磊（右）

談到ASMS期間的活動，Rohan興奮地說：“周日的用戶會是歷年來出席人數最多的用戶會；布魯克所有的早餐研討會都是超額報名，比如蛋白質組學早餐會預訂了90人的房間，到場180多人，用戶反響非常熱烈。布魯克的Hospitality Suite在會期全天開放，不停地迎接感興趣的客戶，晚上的氣氛也非常熱烈。”

布魯克用戶會

兩款新品 擴展高性能和易用性兩大維度

布魯克公司在本屆ASMS大會發布了兩款重磅產品——neofleX?和timsTOF Ultra 2。neofleX? MALDI-TOF/TOF 臺式空間成像質譜儀專為速度和靈活性而設計，推動質譜成像與其他領域的成果轉化。timsTOF Ultra 2在去年Ultra的基礎上再次提升性能，是最高端的適合于單細胞蛋白質組學研究的質譜，同時擴展了常規蛋白質組學分析能力。

neofleX?：空間多組學成像分析觸手可及

neofleX^? MALDI-TOF/TOF空間成像質譜儀

近年來，空間多組學分析成為研究熱點，質譜成像是其中重要的解決方案。布魯克是MALDI技術的先驅，擁有超過30年的MALDI研發經驗，rapifleX^? MALDI-TOF/TOF已在質譜成像研究中廣受好評。今年推出的neofleX? MALDI-TOF/TOF是一款高配置、多功能的臺式空間成像質譜系統，專為生物制藥、轉化醫學和臨床科研而設計；它易于操作，非質譜專家也可以輕松操控，僅需將組織切片放入neofleX^?中，稍做簡單設置、按下按鈕，既可快速得到成像結果。

neofleX^? Imaging Profiler配備了布魯克專利的smartbeam 3D激光器，確保了具有真實的“方形像素點”成像采集功能。結合MALDI HiPLEX-IHC工作流程可實現多重靶標蛋白質的空間成像分析，并與 AmberGen 公司的MALDI-ISH（原位雜交成像）方法兼容，后者可對多達12個目標寡核苷酸（RNA/DNA）進行多通道空間成像表征。

圖：在neofleX?上通過MALDI-HiPLEX IHC工作流程對肺癌樣本進行了116通道蛋白質空間成像：對照組、腺癌、鱗狀細胞癌。數據由瑞士蘇黎世大學和瑞士聯邦理工學院的Bernd Bodenmiller教授提供

neofleX^?可實現多分子維度的MALDI成像解決方案：從靶標蛋白質、聚糖分子、代謝物、脂質、內源性多肽到mRNA/DNA的全景式空間表征及關聯性探索；全新的SCiLS? Scope軟件提供OME-TIFF圖像文件，可實現每一幀像素分子信息的最大化。neofleX?還與布魯克的成像軟件和成像耗材生態系統無縫兼容，例如IntelliSlides?、SCiLS autopilot和-SCiLS? Scope，這些工具簡化了樣本追蹤、實驗準備和數據分析過程，用戶只需進行最少的參數設置即可實現自動一體化成像采集流程。

Rohan還強調了neofleX?在加速生物藥物研發中的重要作用：MALDI 自上而下測序（MALDI-TDS）能夠快速提供藥物蛋白質的序列和修飾信息； 在需要更高通量的常規應用中，neofleX?配合 BioPharma Compass^? 軟件，能夠輕松且快速獲得眾多類型生物分子的質控結果。

timsTOF Ultra 2：見微知著，從單細胞視野洞察全局

布魯克最新timsTOF Ultra 2 捕集離子淌度質譜系統

布魯克timsTOF獲得了巨大成功，Rohan興奮地說：“布魯克已向客戶發貨超過1000套timsTOF系統。”

新一代 timsTOF Ultra 2，與優化渦流設計的 CaptiveSpray Ultra 2 離子源相結合，樹立了靈敏度新標桿，先進的diagonal-PASEF^? 工作流程和第二代離子電荷控制（ICC 2.0）技術使得timsTOF Ultra 2適用于從超微量皮克到微克級別的寬上樣量范圍，大大提高了對微小細胞、亞細胞細胞器進行深度分析的靈敏度，并增加了樣本進樣量范圍的靈活性。比如，僅需要25pg的蛋白酶解液，即相當于HeLa細胞蛋白量的1/10，鑒定和定量的蛋白數量增加50%，多肽數量增加高達100%。

結合優化AI功能的Spectronaut^?  19軟件和全新的單磁珠PreOmics ENRICHplus試劑盒，布魯克正在建立從超高靈敏度到大規模深度血漿蛋白質組學的4D-蛋白質組學新標準。此外，布魯克還推出了OmniScape^? 軟件，用于完整蛋白的自上而下的序列確認和從頭測序分析。glyco-PASEF^?采集模式和 GlycoScape?分析軟件可實現全新的4D-糖蛋白分析功能。

Rohan表示，timsTOF Ultra 2 不僅具有超高靈敏度，還可進行timsTOF系列的持續升級。通過無縫集成最新技術，布魯克為科研人員提供了靈活的選擇，以適應不斷變化的科研環境,，使研究團隊無需更換整個系統即可獲得下一代質譜儀性能。

timsTOF 系列質譜儀升級途徑：timsTOF SCP到 timsTOF Ultra到 timsTOF Ultra 2

構建后基因組時代生態系統

第42屆摩根大通醫療健康峰會上，布魯克總裁Frank Laukien表示，布魯克致力于成為后基因組時代的領軍企業，并已在蛋白質組學、多組學、空間和單細胞生物學領域樹立了領導地位。

Rohan表示，布魯克是一家致力于自下而上蛋白質組學、單細胞蛋白質組學和空間蛋白質組學的公司，其構建的生態系統支持所有不同形式的蛋白質組學，并提供平臺性的解決方案。比如有基于MALDI HiPLEX-IHC標簽進行組織蛋白質組學研究方案，我們有血漿蛋白質組學方案，我們也提供基于細胞培養的蛋白質組學方案，我們還提供各種樣品處理設備、消耗品和軟件。

“大多數實驗室都有來自多家供應商的質譜儀，客戶還可以從布魯克購買除質譜儀之外的產品，他們可以使用我們PreOmics的蛋白質組學樣本處理方案， Biognosys的數據處理方案，客戶可以處理包括布魯克在內的任何質譜儀的蛋白質組學數據。布魯克的質譜可以區分不同CCS值，對低水平信號的分析有更高的置信度，相較其它產品，我們在譜圖分析方面更加可靠。”

談到和基因組學的不同Rohan表示：“顯而易見的是，2萬個基因并不會帶來2萬個蛋白質，實際情況是你會得到10萬個不同的蛋白質亞型，以及大量的蛋白質翻譯后修飾，因此2萬個基因可能產生約100萬種蛋白質。你將如何處理這些蛋白質亞型？一個很好的例子是，同一個基因在大腦、心臟、肝臟和其它組織中會產生不同的蛋白質亞型。因此，當你開始觀察所有這些蛋白質時，你必須確保在肽水平上能夠識別這些蛋白質亞型。布魯克構建更靈敏、更穩健、更高通量的系統，并通過軟件支持來定性定量更多的蛋白質，讓科學家們更深刻地洞悉生命本質，從而在后基因組時代保持我們的領導地位。”

機器學習 vs 人工智能

Rohan在談到對人工智能的看法時表示：“布魯克一直在開發 GPU 處理技術。我們更多地強調使用深度機器學習，而不是使用人工智能。目前人工智能只是學習公眾領域的所有內容，只是收集信息就像一個巨大的圖書館，然后將其應用看看帶來的變化。但人工智能的問題在于它不知道輸出結論的正確與否，因此在科學儀器領域，我們認為目前人工智能并不那么適用，我們更傾向于使用已確認可以進行機器學習的訓練模型，而不是完全依賴人工智能。

深度機器學習是以非常受限的方式來學習具有邊界條件的訓練集。對于儀器你可以只給它噪音，也可以訓練它使用噪音，但我們是在實際數據集上訓練它。為機器學習設置的訓練數據的邊界條件至關重要；我們精心策劃了這些訓練數據，以便機器學習后輸出得更好、更準確。“

全球和中國市場戰略

Rohan談及中國市場時表示：中國是布魯克最重要的市場之一，中國科學家在使用這些先進工具方面表現出色，甚至在某些領域超過了歐美的同行。布魯克致力于為中國客戶提供最先進的技術和最優質的服務，幫助他們在科研領域取得更大的成就。

對于中國的第三次大規模設備更新計劃，Rohan贊道：“這是一個很棒的計劃，表明中國正在投資于它的科學家和科學。從這個角度來說，我絕對祝賀中國，因為中國正在對未來進行投資。包括這次ASMS發布的新品在內，布魯克有很多前沿的產品會幫助中國的科學家更好地開展科研探索。”

Rohan談到布魯克的未來戰略時說：我們的戰略非常簡單，那就是：讓客戶成功。同時，我們也投資于布魯克的團隊，培養和發展我們的員工和科技人員，讓他們助力科學家們成功。如果客戶成功，公司也就會成功。這是布魯克持久的戰略。