我國科學家繪制完成鯉魚全基因組序列圖譜

　　鯉科魚類是我國最重要的水產養殖種類，年產量占我國淡水養殖總產量的70%以上，其中鯉魚不僅是我國也是世界性的重要養殖魚類。5月6日，中國“鯉魚基因組計劃”學術報告會暨新聞發布會在京舉行。由中國水產科學研究院水產生物應用基因組研究中心、黑龍江水產研究所和中科院北京基因組研究所共同實施的“鯉魚基因組計劃”成功完成了鯉魚全基因組測序，并繪制了鯉魚基因組框架圖譜、基因組物理圖譜和高密度連鎖圖譜，為鯉魚基因組輔助育種研究、優良品種快速培育提供了重要基礎。

　　鯉魚基因組有100條染色體，是目前完成全基因組測序研究物種中染色體數目最多的動物。此次發布的鯉魚基因組框架圖，是以中國養殖最廣的鯉魚品種的雌核發育純系單個個體為測序對象，測定了超過100倍覆蓋率的高質量數據。中科院北京基因組研究所等經過全基因組鳥槍法數據拼接和組裝等多種技術途徑，已經完成鯉魚全基因組序列圖譜繪制工作。鯉魚基因組大小約為1.7Gb,拼接組裝所獲得的Scaffold的N50長度為404 kb。此外，還產生了7萬多條鯉魚BAC克隆末端序列、166萬條的表達序列標簽和由8萬多個BAC克隆組成的基因組物理圖譜。框架圖分別覆蓋了96.5%的BAC文庫末端序列、96.2%的表達序列標簽和95%的物理圖譜。

　　鯉魚在我國有幾千年的養殖歷史，經過長時間的自然分化、人工選育，形成了形態多樣、體色豐富、有鱗無鱗、對特殊環境具有較強適應性的多個地方種群和品種，使我國成為世界上鯉魚種質資源和基因組資源最豐富的國家。據世界糧農組織統計，鯉魚養殖產業全球年產量超過300萬噸。鯉魚還是目前我國培育出品種最多的水產養殖種，在以利用基因組資源改良動植物經濟性狀為特征的現代農業育種技術發展過程中，鯉魚是我國最有條件利用基因組資源進行品種改良的水產養殖物種。從物種進化角度看，鯉魚是已開展全基因組研究物種中全基因組復制事件最多的物種，而全基因組復制作為生物基因組進化的重要歷史事件在現實物種的基因組中都留下重要證據。因此，鯉魚全基因組測序結果不僅對鯉魚基因組輔助育種研究，快速培育抗病、抗逆、優質、高產的優良品種提供重要基礎，而且對鯉科魚類物種進化和種類分化的闡明也具有重要價值。

　　鑒于鯉魚基因組資源對鯉的育種研究和基礎研究的重大意義，2009年底，中國水產科學研究院水產生物應用基因組研究中心、黑龍江水產研究所聯合中國科學院北京基因組研究所啟動了“鯉魚基因組計劃”，經過1年多的刻苦攻關，于今年4月底成功完成了包括基因組框架圖、物理圖譜和高密度連鎖圖譜在內的一系列成果。該成果的完成，將使鯉魚全基因組序列的裝配結果與物理圖譜和高密度連鎖圖譜實現整合，初步形成鯉魚基因組精細圖譜，使經濟性狀的遺傳圖譜定位跨越到基因組圖譜和功能基因的精確定位，標志著鯉魚分子育種等相關研究正式進入基因組時代，將必然推動鯉魚育種技術的全面進步。該成果還使人們有可能完整掌握經濟性狀形成的所有基因，如影響肉品質、影響肌間刺形成的基因，從而獲得肉質好、肌間刺少的受歡迎的新品種。

　　本研究結果將有助于推進在基因組水平開展鯉魚經濟性狀遺傳機制和功能基因的精細研究，推動基于基因組信息的水產育種技術的革命。

　　“鯉魚基因組計劃”牽頭人、中國水產科學研究院生物技術領域首席科學家孫效文研究員在發布會上做了主題匯報。科技部農村司綜合計劃處、農業部科教司政策體系處、中科院農業項目辦公室相關領導，以及中山大學林浩然院士、美國奧本大學劉占江教授、中科院海洋研究所原所長相建海研究員、北京基因組所于軍研究員、中國海洋大學包振民研究員、中國農業科學院作物科學研究所毛龍研究員、中國水產科學研究院黃海水產研究所陳松林研究員等專家及新聞媒體記者參加了報告會和新聞發布會。

“鯉魚基因組計劃”學術報告會暨新聞發布會

鯉魚基因組高密度連鎖圖譜