加州大學洛杉磯分校Jonsson綜合癌癥研究所、Cedars-Sinai癌癥研究所和Dana-Farber癌癥研究所的一組研究人員最近發現,有34個基因與卵巢癌早期發病風險增加有關。這一發現于近日發表在《Nature Genetics》雜志上,將有助于識別卵巢癌風險最高的女性,并為識別針對這些特定基因的新療法鋪平道路。
加州大學洛杉磯分校Jonsson綜合癌癥中心的Bogdan Pasaniuc說:“如果你很早就發現了卵巢癌,那么存活率會非常高,接近90%。但這種情況并不經常發生。大多數病例發現于晚期,存活率急劇下降。這就是為什么我們想要了解它背后的基因,這樣我們就能更好地預測誰患這種癌癥的風險更高。”
目前的研究建立在卵巢癌協會聯盟過去十多年來收集的大規模基因數據研究的基礎上。這些研究人員比較了約2.5萬名卵巢癌患者和4.5萬名非卵巢癌患者的基因圖譜。研究人員在基因組中發現了30多個與卵巢癌相關的區域。
“這項工作的一個新奇之處在于,我們研究的是通過選擇性剪接而起作用的基因變異,而不僅僅是基因的總豐度,這讓我們找到了我們原本無法識別的基因,包括一個經過實驗驗證的基因,這可以幫助我們更好地理解這些風險機制。如果這些風險機制真的通過剪接作用發揮作用,這也為新的藥物靶標提供了機會,”Gusev說道。
為了精確定位這些基因,研究人員分析了患者的數據,試圖在DNA圖譜中找到能夠解釋患者病情的基因變異。Gusev說,通過梳理大量數據來確定哪些特定基因驅動卵巢癌的發展,這一想法可能看起來很簡單,但有成千上萬個可能的基因靶點可能受到多種機制的影響,因此將這些片段組合在一起是一項巨大的計算和統計工作。
“這項研究還表明,研究卵巢癌產生的特定細胞是多么重要。收集正常的卵巢和輸卵管使我們能夠在一大群女性中繪制這些特定細胞類型的分子指紋圖譜。這使我們能夠在正確的組織類型中識別出與癌癥風險相關的特征。” Pasaniuc說道。研究人員面臨的最大挑戰是處理基因組某一區域的基因數量。Pasanuic說:“當你從父母那里繼承一段DNA時,你不僅繼承了基因組的每一對堿基對,你還繼承了一大塊基因。這意味著如果你在一個特定的區域遺傳了一個基因突變,你就遺傳了整個區域,一次可以攜帶10到20個基因。這使得很難從特定區域找到特定的基因。”
為了幫助識別這些特定區域的基因,研究小組將來自卵巢癌協會聯盟的大規模基因數據與描述基因在卵巢和其他組織中的表達的不同數據類型進行了比較。通過把這兩條信息放在一起,研究人員能夠區分基因組中的哪些基因實際上是風險基因。通過這種計算技術,研究小組確定了34個與卵巢癌風險增加相關的基因。
Pasaniuc說:“通過對這些基因的鑒定,我們現在已經有了一個能夠幫助我們更好地預測卵巢癌風險的基因小列表,而這些女性可能從未意識到她們患卵巢癌的風險更高。雖然我們還沒有做到這一點,但我們希望這項研究能帶來更好的結果,因為我們能夠更早地監測女性,而早期癌癥更容易治療。”
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