來了！復旦大學藥學院團隊手把手教您藥物設計

2025年7月23-26日，陶術特邀 復旦大學藥學院人工智能藥物設計團隊 授課的第四期藥物設計培訓班將在上海麗昂豪生大酒店正式開班！

培訓班師資隊伍內容強大，三位老師均為藥物分子設計領域的資深研究者，理論基礎深厚且教學經驗豐富。他( 她)們將帶領學員系統地、全面的學習分子對接、虛擬篩選、大分子相互作用的基礎理論和案例實操，提升對CADD方法的理解和實踐能力，助您躋身于研發領域的學術前沿。

我們誠摯地邀請大家報名參與，學會CADD，發文更容易！報名信息詳見文末!

第一天（2025.7.23）

　　CADD/AIDD藥物設計概論

　　一、 計算機輔助藥物設計的發源和基本概念

　　藥物研發的歷史演化

　　當代藥物研發的典型流程

　　計算機輔助藥物設計的常規裝備

　　計算機輔助藥物設計概念

　　計算機輔助藥物設計能發揮的作用

　　計算機輔助藥物設計的成功實例

　　CADD技術對新藥研發產生的影響

　　二、計算機輔助藥物設計中常用的計算方法

　　分子模擬介紹

　　分子模擬應用場景

　　量子力學介紹

　　分子力學介紹

　　分子力學和量子力學的應用

　　化學信息學介紹

　　基于靶標結構的藥物設計方法

　　分子對接介紹

　　分子對接應用場景

　　虛擬篩選

　　配體分子的從頭設計

　　基于配體分子的藥物設計方法

　　基于配體分子的方法：2D-QSAR

　　基于配體分子的方法：3D-QSAR

　　基于配體的方法：藥效團模型

　　計算機輔助藥物設計的應用

　　ADMET

　　三、人工智能驅動的藥物設計

　　AIDD發展歷史

　　AIDD的應用

　　AIDD的案例

　　分子結構顯示和處理方法

　　一、蛋白結構準備

　　RCSB PDB數據庫介紹

　　UniProt數據庫介紹

　　AlphaFold數據庫介紹

　　用于存儲有機分子結構的常見文件格式

　　常見文件格式解讀

　　二、小分子結構的構建與優化

　　PubChem、ChEMBLE數據庫介紹

　　分子指紋定義

　　分子指紋類型

　　不同分子指紋算法的特點總結

　　分子指紋的應用

　　數據庫應用場景

　　PyMol介紹

　　三、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　第二天（2025.7.24）

　　分子對接基本流程和技巧

　　一、分子對接基本流程

　　分子對接歷史

　　分子對接原理

　　分子對接方法分類

　　代表性分子對接軟件及部分軟件介紹

　　考慮水分子的對接

　　共價分子對接

　　分子對接受體模型的建立

　　分子對接配體化合物庫的準備

　　受體結合位點的確定

　　構象搜索與能量評價

　　分子對接方法性能的比較

　　打分函數評價體系CASF

　　二、AutoDock Vina軟件執行分子對接

　　AutoDock Vina介紹

　　與AutoDock4的性能對比

　　AutoDock Vina安裝

　　其他插件

　　三、分子對接結果的可視化分析

　　對接結果分析

　　對接結果展示

　　四、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　虛擬篩選的基本流程和技巧

　　一、虛擬篩選基本流程

　　藥物發現與藥物篩選流程

　　高通量篩選 VS 虛擬篩選

　　虛擬篩選基本要素

　　虛擬篩選與分子對接區別

　　基于受體的虛擬篩選方法：分子對接

　　案例介紹

　　基于受體的虛擬篩選方法：多構象策略

　　基于受體的虛擬篩選方法：分子作用指紋

　　基于受體的虛擬篩選方法：藥效團模型

　　基于配體的虛擬篩選方法：結構相似性搜索

　　基于三維形狀相似性的虛擬篩選方法ROCS

　　基于形狀匹配和分子對接的虛擬篩選工具比較

　　基于配體的虛擬篩選方法：2D-QSAR

　　3D-QSAR：比較分子場分析

　　基于配體的虛擬篩選方法：藥效團模型

　　基于配體與受體聯合的虛擬篩選方法

　　基于人工智能的虛擬篩選

　　虛擬篩選一般流程

　　虛篩前的準備工作

　　分子對接方法性能的比較

　　打分函數評價體系CASF

　　虛擬篩選模型的驗證

　　人工檢查

　　二、使用AutoDock Vina軟件執行虛擬篩選

　　AutoDock Vina虛擬篩選需要的文件準備

　　AutoDock Vina虛擬篩選運行

　　三、虛篩的結果分析和技巧

　　虛擬篩選結果挑選

　　虛擬篩選結果保存

　　四、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　第三天（2025.7.25）

　　分子動力學模擬基礎

　　一、分子動力學模擬原理

　　分子動力學模擬定義

　　分子動力學模擬歷史

　　分子動力學模擬原理

　　二、分子動力學模擬的一般流程

　　分子動力學模擬流程簡介

　　力場的介紹

　　軌跡的介紹

　　力場和軌跡演化：鍵的拉伸

　　力場和軌跡演化：鍵角

　　力場和軌跡演化：二面角

　　力場和軌跡演化：Improper Dihedral

　　力場和軌跡演化：非鍵相互作用

　　力場和軌跡演化：靜電相互作用

　　力場和軌跡演化：其他形式的力場

　　力場和軌跡演化：能量極小化

　　力場和軌跡演化：初始速度

　　力場和軌跡演化：積分算法

　　力場和軌跡演化：周期性邊界

　　力場和軌跡演化：非鍵作用計算

　　力場和軌跡演化：溫度和壓強控制

　　力場和軌跡演化：整體流程

　　三、分子動力學模擬體系搭建

　　分子動力學模擬體系介紹

　　分子動力學模擬搭建體系搭建體系流程

　　分子動力學模擬搭建體系常見報錯及解決方案

　　分子動力學模擬搭建體系檢查

　　四、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　分子動力學模擬進階

　　一、分子動力學模擬增強采樣方法

　　溶劑模型介紹

　　增強采樣

　　增強采樣：TMD

　　增強采樣: SMD

　　增強采樣: 傘抽樣

　　增強采樣: Metadynamics

　　增強采樣: T-REMD

　　增強采樣: Hamiltonian-REMD

　　增強采樣: REST

　　增強采樣: REST2

　　二、配體結合自由能計算：MM-GB/SA方法

　　配體結合自由能定義

　　配體結合自由能常見方法

　　MM-GB/SA介紹及使用

　　軌跡分析:Time correlation function

　　軌跡分析: principal component analysis

　　軌跡分析: source of error in MD

　　模擬硬件和軟件

　　參考資料

　　三、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　第四天（2025.7.26）

　　大分子藥物設計

　　一、 蛋白-蛋白和蛋白-核酸分子對接

　　蛋白質結構

　　蛋白-蛋白對接常見的軟件

　　蛋白-蛋白對接結果分析

　　核酸結構

　　蛋白-核酸對接常見的軟件

　　蛋白-核酸對接結果分析

　　二、人工智能蛋白質結構預測

　　蛋白質結構預測方法進展

　　AlphaFold和RosettaFold介紹

　　蛋白質結構設計方法介紹

　　ProteinMPNN和RFDiffusion等方法介紹

　　三、實例講解與練習

　　案例a

　　案例b

　　藥物發現之旅

　　一、 化合物庫的選擇

　　Topscience database介紹

　　不同化合物的區別

　　建議的化合物庫選擇方式

　　硬件的選擇

　　二、化合物的選擇

　　化合物參數介紹

　　化合物參數的選擇

　　三、ADMET

　　ADMET基本概念

　　ADMET預測原理

　　ADMET預測工具實戰

　　培訓老師介紹

　　往期評價

　　陶術藥物設計培訓課程目前已成功開展三期，教學內容受到了眾多學員的高度贊賞，并且在課程結束后我們也會持續的為學員們解答相關疑問 。

　　報名及聯系

　　費用：

　　4280元/人（含四日酒店午餐）

　　7480元/人（含四日酒店住宿（單人間）及早、中、晚餐）

　　6.20日前報名可享早鳥價立減800~

　　活動安排可能調整，敬請關注最新通知 。