臨床依據患者的癥狀和體征，很難鑒別細菌性、病毒性、肺炎支原體或肺炎衣原體的感染，以致在臨床用藥上存在困難，一般只能依賴實驗室通過人體體液標本進行病因檢測。碘染色法和姬姆薩染色法不適用于Cpn的檢測。細胞免疫組織化學法對組織切片進行生物素-抗生物素-過氧化物酶系統著色（又稱ABC法）。在冠狀動脈硬化斑塊上可檢出Cpn-EB，透射電鏡證明在AS泡沫細胞內有特征性的0.4μm大小的EB。該系統設備價格高昂，技術要求高，只限于科研應用。故不適合直接涂片。
