由于溴化乙錠具有一定的毒性，實驗結束后，應對含EB的溶液進行凈化處理再行棄置，以避免污染環境和危害人體健康。
(1) 對于EB含量大于0.5mg/ml的溶液，可如下處理：
①將EB溶液用水稀釋至濃度低于0.5mg/ml；
②加入一倍體積的0.5mol/L KMnO4，混勻，再加入等量的25mol/L鹽酸，混勻，置室溫數小時；
③加入一倍體積的2.5mol/L NaOH，混勻并廢棄。
(2) EB含量小于0.5mg/ml的溶液可如下處理：
① 按1mg/ml的量加入活性炭，不時輕搖混勻，室溫放置1小時；
② 用濾紙過濾并將活性碳與濾紙密封后丟棄。
*EB=溴化乙錠