EST作為表達基因所在區域的分子標簽因編碼DNA序列高度保守而具有自身的特殊性質，與來自非表達序列的標記（如AFLP、RAPD、SSR 等）相比更可能穿越家系與種的限制，因此EST標記在親緣關系較遠的物種間比較基因組連鎖圖和比較質量性狀信息是特別有用。同樣，對于一個DNA序列缺乏的目標物種，來源于其他物種的EST也能用于該物種有益基因的遺傳作圖，加速物種間相關信息的迅速轉化。
