此酶具有以下特點：
（1）耐高溫，在70℃下反應2小時后其殘留活性在90%以上，在93℃下反應2小時后其殘留活性是仍能保持60%，而在95℃ 下反應2小時后為原來的40%。
（2）在熱變性時不會被鈍化，故不必在擴增反應的每輪循環完成后再加新酶。
（3）一般擴增的PCR產物長度可達2.0 kb，且特異性也較高。
PCR的廣泛應用得益于此酶，目前各試劑公司中開發了多種類型的Taq酶，有用于長片段擴增的酶，擴增長度極端可達40kb；有在常溫條件下即可應用的常溫PCR聚合酶；還有針對不同實驗對象的酶等。
一典型的PCR反應約需的酶量為 2.5u（總反應體積為50ml時），濃度過高可引起非特異性擴增，濃度過低則合成產物量減少。
1.2.3 dNTP的質量與濃度
dNTP
的質量與濃度和PCR擴增效率有密切關系，dNTP粉呈顆粒狀，如保存不當易變性失去生物學活性。dNTP溶液呈酸性，使用時應配成高濃度后，以 1M
NaOH或1M
Tris。HCl的緩沖液將其pH調節到7.0～7.5，小量分裝，-20℃冰凍保存。多次凍融會使dNTP降解。在PCR反應中，dNTP應為50～200mmol/l，尤其是注意4種dNTP的濃度要相等（等摩爾配制），如其中任何一種濃度不同于其它幾種時（偏高或偏低），就會引起錯配。濃度過低又會降低PCR產物的產量。dNTP能與Mg2+結合，使游離的Mg2+濃度降低。
1.2.4 模板（靶基因）核酸
模板核酸的量與純化程度，是PCR成敗與否的關鍵環節之一，傳統的DNA純化方法通常采用SDS和蛋白酶K來消化處理標本。SDS的主要功能是：溶解細胞膜上的脂類與蛋白質，因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜，并解離細胞中的核蛋白，SDS還能與蛋白質結合而沉淀；蛋白酶K能水解消化蛋白質，特別是與DNA結合的組蛋白，再用有機溶劑（酚與氯仿抽）抽提除去蛋白質和其它細胞組份，用乙醇或異丙醇沉淀核酸，該核酸即可作為模板用于PCR反應。一般臨床檢測標本，可采用快速簡便的方法溶解細胞，裂解病原體，消化除去染色體的蛋白質使靶基因游離，直接用于PCR擴增。
模板DNA投入量對于細菌基因組DNA一般在1~10ng/ml，實驗中模板濃度常常需要優化，一般可選擇幾個濃度梯度（濃度差以10倍為一個梯度）。在PCR反應中，過高的模板投入量往往會導致PCR實驗的失敗。
1.2.5 Mg 2+濃度
Mg2+對PCR擴增的特異性和產量有顯著的影響，在一般的PCR反應中，各種
dNTP濃度為200mmol/l時，Mg2+濃度為1.5～2.0mmol/l為宜。Mg2+濃度過高，反應特異性降低，出現非特異擴增，濃度過低會降低Taq
DNA聚合酶的活性，使反應產物減少。一般廠商提供的Taq DNA聚合酶均有相應的緩沖液，而Mg2+也已添加，如果特殊實驗應采用無
Mg2+的緩沖液，，在PCR反應體系中添加一定量的Mg2+。
1.3 PCR反應條件
溫度與時間的設置：基于PCR原理三步驟而設置變性-退火-延伸三個溫度點。在標準反應中采用三溫度點法，雙鏈DNA在90～95℃變性，再迅速冷卻至40
～60℃，引物退火并結合到靶序列上，然后快速升溫至70～75℃，在Taq DNA
聚合酶的作用下，使引物鏈沿模板延伸。對于較短靶基因(長度為100～300bp時)可采用二溫度點法，
除變性溫度外、退火與延伸溫度可合二為一，一般采用94℃變性，65℃左右退火與延伸(此溫度Taq DNA酶仍有較高的催化活性)。 5.1.4
PCR反應特點
（1）強特異性
PCR反應的特異性決定因素為：
A. 引物與模板DNA特異性的結合；
B. 堿基配對原則；
C. Taq DNA聚合酶合成反應的忠實性；
D. 靶基因的特異性與保守性。
其中引物與模板的正確結合是關鍵，引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的。聚合酶合成反應的忠實性及Taq
DNA聚合酶耐高溫性，使反應中模板與引物的結合(復性)可以在較高的溫度下進行，結合的特異性大大增加，被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區，其特異性程度就更高。
（2）高靈敏度
PCR產物的生成量是以指數方式增加的，能將皮克（pg=10-12g）量級的起始待測模板擴增到微克（mg =
10-6g）水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞；在病毒的檢測中，PCR的靈敏度可達3個RFU（空斑形成單位）；在細菌學中最小檢出率為3個細菌。
（3）快速簡便
PCR反應用耐高溫的Taq
DNA聚合酶，一次性地將反應液加好后，即在PCR儀上進行變性－退火－延伸反應，反應一般在2～4小時完成。擴增產物常用電泳分析，操作簡單易推廣，如采用特殊PCR儀（熒光時時定量PCR儀）則可全程監測PCR反應的結果，故耗時將更短。
（4）低純度模板
不需要分離病毒或細菌及培養細胞，DNA粗制品及總RNA等均可作為擴增模板。可直接用臨床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發、細胞、活組織等粗制的DNA擴增檢測。
1.5 PCR結果異常分析
（1）非特異性擴增產物的出現
當擴增產物不止一種時，通常與以下幾種情況有關：
A. 背景DNA與引物同源性高。可通過在兩個引物的內側序列上再使用另外一對對擴增產物DNA再次進行PCR擴增。
B.
退火溫度太低。引物和模板的配對是一個動態過程，分子的熱運動使引物與模板結合與解離而達到最佳配對位點上。退火溫度太低，造成引物與模板的非特異性位點部分配對而解離不下來，這種不正確的配對，進入PCR反應過程就可擴增出非特異性的產物DNA。提高退火的溫度將可改善結果。
C. 過量的酶、引物和模板DNA可使PCR反應造成混亂，強行擴增出非特異性產物DNA，適當降低這些試劑的量有助于問題的解決。
（2）無特異性擴增產物帶
A. 引物溶液反復凍融或污染了DNA酶類，造成引物降解。
B. 模板DNA制備時模板已降解。
C. Taq酶有失活或有雜酶污染。
D. 緩沖液條件不當。
E. 引物不正確。
2 試劑與器材
1. 試劑 （1）模板DNA 沸水浴制備的大腸桿菌染色體DNA
（2）Taq DNA聚合酶
（3）10×緩沖液
（4）dNTP（2.5mM）
（5）Primer1（10pmol/ml）
（6）Primer2（10pmol/ml）
2. 器材 （1）eppendorf管 PCR專用薄壁管（200ml）
（2）槍頭 進口（潔凈度高）
（3）移液器
（4）離心機 PCR發應液混合后離心
（5）PCR儀
（6）超凈工作臺 提供潔凈操作區用于PCR加樣
5.3實驗步驟
（1）按如下體積加樣進行PCR反應：
1# 2#
總體積 50ml 50ml
ddH2O 28.5ml 26.5ml
10×buffer（含 Mg2+） 5ml 5ml
dNTP（2.5mM） 4ml 4ml
Primer1（10pmol/ml） 5ml 5ml
Primer2（10pmol/ml） 5ml 5ml
染色體DNA（沸水浴制備） 2ml 4ml
Taq 酶（5U/ml） 0.5ml 0.5ml
（3）取40ml采用瓊脂糖凝膠電泳檢查產物情況，擴增產物集中于1.5 kb片段的位置附近，割下該位置的凝膠進行外源DNA的回收。