值得注意的是，雖然在原核生物細胞內，翻譯的起始過程依然有IF1、IF2、IF3三類因子的參與（真正耗能的步驟是IF2介導的起始tRNA入位和大亞基招募），但原核細胞幾乎沒有以這些蛋白因子為靶點進行的調控模式。在真核細胞內，由于大量翻譯起始因子的參與，大量對于翻譯的調控也是以這些蛋白因子為靶點進行的。
和原核細胞類似，真核細胞的翻譯調控也可分為基因特異性調控和全局調控。其靶點主要有三個：起始tRNA的入位、mRNA-eIF4復合物的形成、mRNA的掃描。
最常見的全局調控之一是激酶（如GCN2）磷酸化eIF2，使原本使eIF2·GDP轉為eIF2·GTP的eIF2B失去鳥苷酸交換因子活性，反應不能發生，eIF2·GTP減少，tRNA入位減少，細胞內全局翻譯速率降低。
另一種常見的全局調控是利用4EBP（eIF4E結合蛋白）與eIF4G競爭，識別并結合eIF4E。而激酶可以磷酸化4EBP以使其不具有結合4E的活性。這一通路常被視作一些營養通路（如mTOR）的效應下游。
基因特異性調控主要依賴于mRNA的特有序列。常見的例子是Bruno蛋白可以特異性結合一些mRNA下游元件，而與此同時Cup蛋白與eIF4E結合。由于Bruno可以和Cup互作，進而形成mRNA閉合環路，阻止翻譯的進一步發生。
另一個特異性調控的例子是鐵蛋白的翻譯調控。由于鐵蛋白主要參與二價鐵離子的代謝，在二價鐵離子存在時需要被高度表達以應激，防止其進一步破壞細胞。鐵蛋白mRNA是一類帶有IRE序列的mRNA。當鐵離子不存在時，IRP（IRE結合蛋白）可結合IRE序列，阻礙4A因子對mRNA的AUG的掃描。而當鐵離子存在時，IRP被釋放，掃描得以回復。