科學家開發一款多功能植物小RNA分析工具

　　近日，《科學通報》在線發表了華南農業大學園藝學院教授夏瑞團隊最新研究成果，他們研究開發出一款多功能植物小RNA分析工具——sRNAminer，可便于研究人員進行一站式小RNA分析及可視化。

　　sRNAminer軟件整體功能概覽。課題組供圖

　　據介紹，植物小RNA是植物生長發育和營養繁殖過程的重要調控分子。目前已有的分析工具多數依賴于命令行環境，且功能較單一，無法有效支持研究人員對植物小RNA生物功能的深度探索。

　　該團隊開發的sRNAminer包含了常用的植物小RNA數據分析功能。其功能主要分為四大部分：一是數據預處理，包括接頭去除，數據去冗余，去除目標外的非編碼RNA和質體污染以及讀段回帖；二是植物三種主要類型小RNA的鑒定與表達量計算；三是包括小RNA靶位點預測、介導PHAS位點產生的小RNA trigger預測、降解組測序數據分析等常用的功能；四是小RNA位點可視化。其中，sRNAminer的IGV-sRNA模塊讓用戶能夠針對相應類型的小RNA的特征對小RNA位點進行快速人工檢查。

　　為保證用戶能夠以最快最簡單的方式進行小RNA分析，sRNAminer提供了一鍵化分析功能。用戶只需要輸入小RNA測序文件、基因組文件以及軟件配備的非編碼RNA和質體基因組數據庫，點擊“Start”按鈕，軟件便會自動解析數據，對數據進行預處理，將讀段回貼到基因組，然后進行小RNA鑒定，最終在較短時間內即可得到miRNA、phasiRNA和hc-siRNA的鑒定結果及其表達量。為滿足不同應用場景，sRNAminer兼具界面化和命令行版本。

　　為了更客觀地評價不同軟件的表現，研究人員經過比較分析和人工檢查構建了一個高標準的“黃金”MIRNA和PHAS位點集合，用于評估sRNAminer與其他現有工具的性能；為了實現對小RNA注釋結果的高效人工檢查，研究人員基于基因組瀏覽器（IGV）開發了IGV-sRNA，并將其作為一個功能模塊整合在sRNAminer里。IGV-sRNA可以呈現各種特異的小RNA特征，使研究人員能夠更全面地理解小RNA數據。

　　sRNAminer同時支持高質量PHAS位點圖批量自動繪制及RNA二級結構可視化。sRNAminer可以真正實現從分析數據到人工檢查可視化結果再到高質量圖表繪制的小RNA分析流程閉環。