典型的HIV腦病發生于AIDS晚期與全身系統性疾病同時出現。但極少數情況下是AIDS早期的表現，甚至是惟一表現。腦病的臨床特征為隱襲性智力減退，此外還有乏力、懶惰、頭痛、孤獨和性功能減退。有時這些異常突然發生并可快速進展，且有遺忘、注意力不能集中、工作能力下降等。閱讀能力下降常是最早的主訴，病人也常被診斷為憂郁癥。無典型的煩躁不安，睡眠障礙也不多見，但常有局灶性或全身性抽搐。
HIV腦病和惡病質、脫發、脂溢性皮炎、全身淋巴結病等都是AIDS晚期的標志。智力檢查所見與皮質下癡呆相一致。兩眼迅速掃視和隨物運動等眼球活動異常也很多見。面部表情喪失、聲音變低呈單音調。精細運動緩慢且不準確。病人智力減退、姿態不穩、緩慢而笨拙的步態、發聲改變等都證明HIV腦病是皮質下癡呆。