對于填充良好的大規模層析柱, 從其頂端到底端，其中的填料是連續均勻分布的，并表現為最佳的層析效能。CHT 的填裝方法有數種，如何選擇取決于所用的層析柱類型及設備。在填裝層析柱前, 應參閱層析柱、介質轉移設備和介質填裝設備的相關指導手冊。
開放性層析柱的最大填充床高度不能高于介質固位板 (釉料或網狀物) 表面間距離的 50%，如 EasyPack(BiCrRadLaboratories)、BPG(GEHealthcare) 和 Moduline2(Millipore)。例如，若該距離為 54 cm, 那么最大的填充高度則為 27 cm。同時計算填充柱的體積。每升填充床體積，使用 630 g 干粉及 1.79L 填充緩沖液，以制備成 50%(V/V) 的漿液。關閉層析柱的排出口，導入填充緩沖液，隨后加入干粉。用塑料攪拌器攪動 CHT-緩沖液的混合物使干粉水化, 將兩者混合形成均質的漿液。再逆向攪拌以盡量減少漿液的移動。根據生產商的說明書安裝頂端的適配器，并將其插入至層析柱管體中。5 min 后形成無樹脂區, 降低適配器使內部空氣可以通過頂端的入口排出，并用填充緩沖液清洗適配器上的流動收集器和入口的線路。填充流速為 200~300 cm/h，并運行 2 個柱體積的填充緩沖液。一旦固定填充床，即可調低適配器，使介質固位板和填充柱頂端留有 1~5 mm 的空間。切記不要將適配器降至填充床中，避免造成 CHT 顆粒的不可逆損傷。
對于封閉型的層析柱，如 InPlace(Bio-RadLaboratories) 和 Bio-ProcessLPLC(GEHealthcare) 層析柱, 應在外部準備漿液, 再進行填裝。同開放型層析柱一樣，其最大的填充床高度不能髙于介質固位板 (釉料) 表面間距離的 50%。并計算填充柱的體積。
每升填充床體積, 采用 630 g 干粉及 1.79L 填充緩沖液，制備成 50%(V/V) 漿液。將填充緩沖液倒入介質漿液罐中，隨后加入干粉。通過剪切力較小的水翼葉輪 (A3 型) 攪動 CHT-緩沖液的混合物, 使干粉水化，并將兩者混合形成均質的漿液。再用介質轉移裝置將全部漿液轉移至層析柱中。以 50 cm/h 的流速排除漿液中的氣泡。停止運行，靜置 5 min 形成無樹脂區后，降低適配器使內部空氣可以通過頂端的人口排出，并用填充緩沖液清洗適配器上的流動收集器和入口的線路。填充時軸向流速為 200~300 cm/h, 以壓縮填充床。繼續調低適配器的位置, 直至介質固位板和填充柱頂端間相距 1~5 mm。當填裝不銹鋼的 InPlace 或 LPLC 層析柱時, 保持軸向流直至適配器達到距目標高度之上的 2 cm 后，降低流速到 10 cm/h，直至適配器的信號傳感器與填充床頂端接觸。
目前還并沒有采用微晶型 HA 填充生產規模層析柱。HAUltrogel 用于大直徑的淺層析柱。填裝這類層析柱及介質需要得到相應供應商的幫助。
關于填裝的生產用層析柱的評價，可根據管理機構的建議進行，這也是終端用戶通常需要的。美國食品與藥物管理局及歐洲、加拿大、日本和亞洲的相應機構已經發布了評價填裝層析柱的指導意見。一些層析介質的供應商也提出了對于實驗室規模和生產規模層析柱評價的簡單方法, 但是并沒有必要將兩者的結果相關聯。一些生物醫藥公司的創新者 (TeetersandQuiftones-Garda，2005) 是非常睿智的，他們提出采用停留時間分布 (residencetimedistribution，RTD) 來追蹤層析柱使用期限內填裝層析柱的狀態。
在重組蛋白的純化方案中，采用線性或分步的磷酸鹽洗脫仍是占據主導地位的解吸附策略。對于在畢赤酵母中表達的人過氧化氫酶，采用 3 步工藝-硫酸銨沉淀、陰離子交換層析和 HA 層析，可使其純度達到 95%。以 0.05~0.3mol/L、PH6.8 的磷酸鹽線性梯度，可以將重組的過氧化氫酶從 HA 層析柱上洗脫。Shi 等 (2007) 從培養基中獲得分泌的過氧化氫酶，最終得率為 60%。如 Hsieh 等（2003)、St 垃 nsk^等 (2007)、Luellau 等 (1 卯 8) 和 Nuss 等 (2008) 所述, 用 HA 層析柱，并以線性或分步梯度的磷酸鹽可以純化多種蛋白質。
diSalvo 等 (2004) 在大腸桿菌中表達了人源及兩種大腸桿菌來源的卩比咳醛激酶 D 先用硫酸銨沉淀含有該酶的細胞裂解物顆粒，再采用磷酸鹽緩沖液將其溶解，之后以 3 種類型的層析介質-疏水作用凝膠、陰離子交換樹脂和陶瓷化 HA 進行純化。對于人吡哆醛激酶的 HA 純化, 采用 20 mmol/LN，iV-2-(2-羥乙基)-2-氨基乙磺酸鈉（BES)、pH7.3 作為吸附緩沖液, 以線性梯度到 100 mmd/L、pH7.3 的磷酸氫二鉀進行洗脫。Stuhlfelder 等 (2002) 用陰離子交換層析、凝膠過濾和陶瓷化 HA 層析進行了番茄 (1^吵^-sz’conescwZe 尬 mot) 細胞培養物的茉莉酸甲基水解酯酶（methyljasmonatehydrolyzingesterase) 的純化。在 HA 的純化步驟中，采用 20 mmol/L 的磷酸氫二鉀、20 mmol/L 的 p-巰基乙醇和 0.3 mmol/L 的氯化鈣，pH6.8 作為吸附緩沖液; 以線性梯度到 500 mmol/L 的磷酸氫二鉀、20_0l/L 的卩-巰基乙醇，pH6.8 的緩沖液進行洗脫。在最近的一個實用型ZL中，發明者采用多級的層析工藝 (親和層析、疏水作用層析、HA 層析和陰離子交換層析) 純化重組紅細胞生成素 (recombinanterythropoietin,rEPO)(Schumannetal.,2007): 在采用陶瓷化 HA 純化步驟中，以 20 mmol/LTris、5 minol/LCaCl2、250 mmol/LNaCl、9% 異丙醇、pH6.9, 作為吸附緩沖液。用 10 mmol/LTris、0.5 mmol/LCaCl2、10 mmol/LK2 HPO4，pH6.8, 作為 rEPO 的洗脫緩沖液。在關于 rEPO 的另一個純化工藝中, 發明者用 HAUltrogel 吸附劑，以含有 Imol/LNaCl 和 2 mmol/LCaCl2 的 0.05mol/LTris 緩沖液 (pH7.5) 平衡吸附蛋白質。用含 0.005%(OT/V) 聚山梨醇 80 的 20_ol/L 磷酸鹽緩沖液 (pH7.5) 洗脫 rEPO。
免疫球蛋白的純化也可以采用多步驟的層析工藝進行。例如，Leibl 等 (1996) 先后用肝素-親和層析和陶瓷化 HA 層析, 從人血清的 CohnFrGI 中進一步純化人免疫球蛋白 A(IgA)。其中陶瓷化 HA 層析步驟，以 10 mmol/L 的磷酸鹽、137 mmd/L 的 NaCl，pH7.4 緩沖液平衡, 同時輔以 IgA 肝素組分。再以 15.3 mmol/L 的磷酸鹽、287_ol/L 的 NaCUpH6.8 的緩沖液洗脫吸附的 IgA 單體，之后采用陰離子交換、分子篩、親和層析進一步純化 IgA, 去除其中的 IgG。在另外一個例子中，采用疏水性電荷誘導層析 (hydrophobicchargeinductionchromatography) 從鼠的腹水中分離單克隆 IgG(Mab)。Guerrier 等 (2001) 用 HAgel 分離 Mab 組分，先以 10 mmol/L、pH8 的磷酸鈉平衡，再以 0~5mol/L 的 KCUOmmol/L(pH6.8) 的磷酸鈉洗脫。Sinacola 和 Robinson(2002) 將 HA 作為精制步驟，可以從有活性的 scFv 中去除單鏈抗體 (scFv) 聚集物和無活性的單體 scFv。用 200 mmol/LNaCUmmol/L 乙二胺四乙酸緩沖液和 100 mmol/LTris-HCl，pH8.3 平衡時，有活性的 scFv 不能吸附于 HA。
臨床上, 高滴度表達的 Mab 通常含有大量的免疫球蛋白聚集物。在磷酸鹽洗脫體系中，HA 表面對單體和多聚體的選擇性一般是相同的。可以用 NaCl 從 HA 上面的多聚體中純化單體（Sun，2003)。詳細描述可見美國ZL 200501o7594。用 0.5mol/L、pH6.8 的磷酸鈉可以去除多聚物、內毒素和 DNA。采用磷酸鹽進行洗脫時，Gagnon(2008) 通過向緩沖液中加入 PEG 可使多聚體的去除效果顯著地提高。若洗脫液中加入高濃度的 PEG，單體將不會吸附于層析柱, 而多聚體、內毒素和 DNA 仍處于吸附狀態。