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  • 發布時間:2019-09-12 10:41 原文鏈接: 脈沖場凝膠電泳制備DNA(酵母完整DNA的分離)

               

    實驗方法原理 制備用于電泳的酵母 DNA,先用酶破壞酵母細胞胞壁,然后在熔化的低熔點瓊脂糖中混懸,制成栓。將栓浸入含蛋白酶的裂解緩沖液,以加速細胞裂解和除去蛋白質。此方法在 Schwartz 和 Cantor (1984) 最初介紹的方法上略有改進,它可用于制備作為 高分子質量標準的酵母染色體和酵母人工染色體(YAC)。
    實驗材料

    酵母混懸培養物

    試劑、試劑盒

    細胞清洗緩沖液 EDTA L 緩沖液 TE 酵母裂解緩沖液 酵母細胞壁消化酶 酶解酶

    儀器、耗材

    低熔點瓊脂糖 Sorvall GSA 轉頭或相當型號的轉頭 預成型的 Plexiglas 模具

    實驗步驟

    一、材料

    1. 緩沖液和溶液

    細胞清洗緩沖液(0.01 mol/L Tris-Cl ( pH 7.6),0.05 mol/L EDTA ( pH 8.0),室溫存放。)

    EDTA ( 0.05 mol/L, pH 8.0)

    L 緩沖液(0.1 mol/L EDTA ( pH 8.0),0.01 mol/L Tris-Cl ( pH 7.6),0.02 mol/L NaCl,4℃ 存放)

    含蛋白酶 K 和十二烷基肌氨酸鈉(Sarkosyl) 的 L 緩沖液

    TE(pH 7.6)

    含 40 μg/ml PMSF 的 TE(pH 7.6)

    酵母裂解緩沖液(0.01 mol/L Tris-Cl(pH 7.6),0.5 mol/L EDTA(pH 8.0),β-巰基乙醇(1% V/V))

    酵母細胞壁消化酶

    酶解酶(Zymolyase)5000(Kirin Breweries)或溶細胞酶(Lyticase)(67 mg/ml)(Sigma)

    2. 凝膠

    低熔點瓊脂糖(1%)

    3. 離心機和轉頭

    Sorvall GSA 轉頭或相當型號的轉頭

    4. 專用設備

    預成型的 Plexiglas 模具(50~100 μl,Pharmacia 或 Bio-Rad), 或一個長的 Tygon 管(1/8 英寸或內徑 3.2 mm), 或一個塑料注射器(1 ml)。

    5. 細胞和組織

    酵母混懸培養物

    二、方法

    1. 3000 g ( Sorvall GSA 轉頭 4300 r/min) 4℃ 離心 5 min 收集混懸培養的酵母細胞。用細胞清洗緩沖液洗兩次細胞沉淀。

    2. 混懸細胞于 0℃ 的 0.05 mol/L EDTA(pH 8.0)中,濃度 3X109 個細胞/ml。

    3. 用 L 緩沖液配制 1% 低熔點瓊脂糖。熔化后,冷卻至 42℃。

    4. 加 75 μl 酶解酶或溶細胞酶溶液到步驟 2 的細胞混懸液內,混勻。

    5. 加熱細胞混懸液至 42℃。將 5 ml 熔化的瓊脂糖和 5 ml 細胞混懸液混合。用一個封口的巴斯德吸管攪勻混合物,以保證細胞完全分散在瓊脂糖中。

    6. 混合物移入預成形的 Plexiglas 模具(50~100 μl,Pharmacia 或 Bio-Rad), 或吸混合物到合適長度的 Tyson 管(內徑 3/32 英寸)內,也可以吸入 1 ml 塑料注射器內。室溫放置 15 min,再移至 4℃ 放 15~30 min。

    7. 瓊脂糖凝固后,從 Plexiglas 模具收集凝膠栓,或從 Tygon 管和注射器擠出凝膠。將圓柱形凝膠栓切成 1 cm 長的段。

    8. 3 倍體積酵母裂解緩沖液內 37℃ 溫育凝膠塊 3 h,化學通風櫥內進行。

    9. 干凈培養皿內加入 3 倍體積含有 0.1 mg/ml 蛋白酶 K 和 1% ( m/V)Sarkosyl 的 L 緩沖液。移入凝膠塊,50℃ 溫育 3 h。用新鮮等體積上述緩沖液替換舊的,繼續 50℃ 溫育 12~16 h。

    10. 在 50 倍體積含 40 μg/ml PMSF 的 TE ( pH 7.6) 50℃ 溫育凝膠塊 1 h。用新鮮等體積上述溶液替換舊的,繼續 50℃ 溫育 1 h。

    11. 除去含 PMSF 的 TE, 用新鮮等體積 TE ( pH 7.6) 室溫繼續溫育 1 h。

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