在基因工程基礎上發展起來的蛋白質工程，被稱為“第二代基因工程”。在亞太地區蛋白質學會主席、北京大學跨院系蛋白質科學中心主任昌增益教授看來，蛋白質工程不僅蘊涵著人類攻克癌癥等生命難題的重大契機，其在產業化上的巨大發展空間也是不言而喻的。
近年來，蛋白質工程研究和應用已遍及醫療、工業、農業等領域。目前，分子生物學家們已經能夠通過對蛋白質進行修飾、加工、改良，使蛋白質“升級換代”。例如，人們對藥物蛋白進行PEG(聚乙二醇)修飾，可以延長藥物蛋白的作用半衰期;葡萄糖異構酶在工業上有著廣泛的應用，人們對其基因進行定點誘變，將第138位的甘氨酸(Gly138)替代為脯氨酸(Pro)后，可顯著提高葡萄糖異構酶的熱穩定性，有利于其在食品工業上的應用;轉入多拷貝串聯的金屬硫蛋白α-結構域編碼基因的轉基因植株，有著比野生植株更高的對重金屬的抗性等等。
然而，昌增益認為，對蛋白質工程這座“金礦”的開發才剛剛開始。“盡管幾十年來人們在蛋白質基礎研究方面有了很大進步，但是我們對蛋白質這類結構和功能極其多樣的神奇生命分子的認知還很有限，對蛋白質功能機制的研究方法和手段還遠不夠完善。”
他表示，如何揭示蛋白質分子發揮作用的規律，是一個復雜而艱深的難題。“借助其他學科平臺，通過跨學科研究對蛋白質工程提出新的理論、新的方法，從不同的層面揭示蛋白質運作的機制，將是一個新的挑戰和機遇。”
據了解，蛋白質工程研究的觸角已經延伸到了各個高科技領域，包括生物、化學、物理、醫學、工程以及計算機等。
“多學科、多角度、多層次的系統研究，能夠幫助人們更深刻地揭示蛋白質‘神奇’的面紗，同時也能促進各學科的發展。”昌增益說。
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