加州大學圣芭芭拉分校的研究人員發現大腸桿菌的Dam酶在DNA上移動進行修飾時會發生“跳躍”,并對其物理特性和行為進行了分析,這一研究成果能為生物醫學研究和其他科學應用提供幫助。該文章發表在Journal of Biological Chemistry雜志上。
大腸桿菌的適應機制使其能依據不同環境改變自己的表型(可觀察到的特性)。例如,大腸桿菌在需要尋找食物、粘附宿主組織、或者繁殖時,細菌表面會形成纖毛(毛發狀結構),使其能夠移動、粘附或傳遞遺傳物質。
“我們希望了解細胞中是什么引發了這些改變,”文章第一作者Adam Pollak說。
DNA腺嘌呤甲基轉移酶Dam給DNA特定序列(GATC位點)加上甲基化標簽,就是這種表觀遺傳學機制促使纖毛形成。類似這樣的標簽信號機制,也在人體內指導著由同樣的DNA序列形成不同器官組織的過程。這些DNA修飾標簽的添加屬于一個廣泛的領域,表觀遺傳學,即調節基因表達的基因組可遺傳修飾。
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此前普遍觀點認為Dam酶只在細菌雙螺旋DNA的一條鏈上移動尋找GATC位點,但研究人員發現,實際上Dam會在雙螺旋兩條鏈的GATC位點上“跳躍”。
研究人員利用DpnI限制性內切酶進行基因工程改造,得到了甲基化位點間的長度和距離各異的多條DNA序列,并由此發現GATC位點的聚集會使Dam酶跳躍得更加頻繁。例如,當兩個識別位點間距在10-200bp以內時,Dam跳躍發生的可能性更高。GATC 位點的聚集與基因調控關系密切,而雙螺旋上單獨的GATC位點與DNA復制有關。文章還提到,Dam在DNA上移動時,未定位GATC序列的時間越長,發生跳躍的可能性越小,但GATC序列的引入會再次激活這一跳躍機制。
文章指出,Dam酶的跳躍機制能夠解釋為何DNA修飾酶能在海量非特異性DNA中找到自己的識別位點,以及為何Dam酶能夠無視反義鏈方向而修飾多個位點。
該研究團隊對大腸桿菌的行為、影響毒力的因素、抗性和繁殖力進行了數十年的研究。研究上述大腸桿菌能力的開關機制,將幫助人們了解這些能與人類共生有時又會引發疾病的細菌,并有助于相關疾病的治療。
“舉例來說,如果我們找到一種上述開關的抑制劑,尿路感染就沒有立足之地了。”Pollak說。
研究團隊近期還發表了一篇文章,描述了人體內的類似機制,而這一機制在特定白血病類型中被破壞。
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