人類健康受黃曲霉毒素的危害主要是由于人們食用被黃曲霉毒素污染的食物.對于這一污染的預防是非常困難的，其原因是由于真菌在食物或食品原料中的存在是很普遍的.國家衛生部門禁止企業使用被嚴重污染的糧食進行食品加工生產，并制定相關的標準監督企業執行.但對于含黃曲霉毒素濃度較低的糧食和食品無法進行控制.在發展中國家，食用被黃曲霉毒素污染的食物與癌癥的發病率呈正相關性.亞洲和非洲的疾病研究機構的研究工作表明，食物中黃曲霉毒素與肝細胞癌變 (liver cell cancer,lcc) 呈正相關性.長時間食用含低濃度黃曲霉毒素的食物被認為是導致肝癌，胃癌，腸癌等疾病的主要原因.1988年國際腫瘤研究機構（international agency for research on cancer,iarc) 將黃曲霉毒素b1列為人類致癌物.除此以外，黃曲霉毒素與其它致病因素（如肝炎病毒）等對人類疾病的誘發具有疊加效應.
黃曲霉毒素b1的半數致死量為0.36毫克/公斤體重，屬特劇毒的毒物范圍（動物半數致死量<10毫克/公斤=它的毒性比氰化鉀大10倍，比砒霜大68倍）.它引起人的中毒主要是損害肝臟，發生肝炎，肝硬化，肝壞死等.臨床表現有胃部不適，食欲減退，惡心，嘔吐，腹脹及肝區觸痛等；嚴重者出現水腫，昏迷，以至抽搐而死.黃曲霉毒素是目前發現的最強的致癌物質.其致癌力是奶油黃的900倍，比二甲基亞硝胺誘發肝癌的能力大75倍，比3,4苯并芘大4000倍.它主要誘使動物發生肝癌，也能誘發胃癌，腎癌，直腸癌及乳腺，卵巢，小腸等部位的癌癥.