單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。GOLD(在線基因組數據庫)中的項目數量增加了4 倍，從2007年到2905到2011年的11472。然而，許多現有的基因組是嚴重片段化的。在GOLD數據庫中，僅有32%的基因組是完整的(complete)，意味著沒有缺口，而finished級別的基因組更少。 然而，考慮到測序數據的量和所需的人力，填補這些缺口幾乎不可能。于是，科學家們開始考慮讀長很長的單分子測序，即Pacific Biosciences公司的SMRT技術。 在這項研究中，Sergey Koren及其同事為了了解單分子測序在微生物基因組組裝中的優......閱讀全文
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
基因組測序
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成過程中，DNA聚合酶能夠使用ddNTP(雙脫氧核苷酸）來作為原料，但它的反應會在加入ddNTP的時候終止。具體實驗是通過PCR來完成的，但與普通PCR不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的
微生物宏基因組測序可以解釋地球氮循環？
微生物（細菌和古細等）是全球生物地球化學循環的重要驅動者。闡明微生物生物地理分布及其驅動過程對于預測環境變化將如何影響生物地球化學循環非常重要。以往微生物生物地理學的研究常常聚焦在物種的層面。然而，越來越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能變化通常與其物種組成變化是解耦
解碼“基因組學之父”桑格：測序，測序，測序
“桑格當之無愧地被稱為‘基因組學之父’，他的工作為人類讀取和理解基因代碼奠定了基礎，徹底變革了生物學并極大促進了當今的醫學發展。”、 有一天，65歲的英國生物化學家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的試驗，轉身走出實驗室，宣布自己正式退休。那一年是1983
基因組測序儀簡介
基因組測序儀是一種用于生物學領域的分析儀器，于2012年12月19日啟用。 技術指標 個體化基因組測序儀主機/ION TORRENT主機。 主要功能 樣品處理、快速的運行時間以分析單個或多個樣品 支持多重文庫，從而實現最大的效率和經濟性 可在必要時禁用個別測序通道，以節約試劑用量。
PNAS：甜瓜基因組測序
甜瓜在世界范圍具有很高的經濟價值，日前西班牙的九個研究中心通力合作，利用羅氏454平臺完成了甜瓜基因組的測序。除了甜瓜的全基因組，科學家還得到了 7個特定甜瓜品種的基因組，文章發表在Proceedings of the National Academy雜志上。 聯合國糧農組織2009年
認識泛基因組測序
什么是泛基因組？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因組概念（pangenome，pan源自希臘語‘παν’，全部的意思），泛基因組即某一物種全部基因的總稱。2009 年，Li等人首次采用新全基因組組裝方法對多個人類個體基因組進行拼接，發現了個體獨有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
454測序用于美洲奶牛種牛基因組測序項目
一只名為Pawnee Farm Arlinda Chief的種牛和它的兒子Walkway Chief Mark大約有60000個后代，其后代是牛奶生產的主力。最近一項研究中1，科學家通過454全基因組測序，掌握了他們的基因組中控制重要性狀的基因，包括抗病能力、牛奶產量，這些性狀已通過北美的當
藥典委|微生物全基因組測序技術指導原則標準草案公示
近日，國家藥典委員會擬定微生物全基因組測序技術指導原則標準草案并公示。其中提到實驗室需具備高通量核酸測序儀、核酸擴增儀、片段分析儀、核酸定量儀、生物安全柜、混勻器、高速離心機、水浴或加熱模塊、冰箱、微量加樣器等分子生物學檢驗常用儀器設備。影響測序質量的儀器設備應定期進行性能確認和維護，以保證儀器處于